中国的神话体系比较复杂，来源众多，没有形成统一的体系，所以就导致了不同体系的神仙来历不一。很多神仙有的是很早的古老典籍中就记载的有原型和明确的来历，而有的只是小说中原创出来的人物，因为比较流行，受众较多，从而得到了很多人的承认，或者说印象中他们就是来历不凡的神仙。
就像提问中问的九天玄女、龙吉公主和三宵娘娘这五位女神，九天玄女是上古时代的女神，而龙吉公主和三宵娘娘只是明代小说家许仲琳所著的《封神演义》这部古代神魔小说中原创出来的人物，因为故事精彩，再加上现代影视剧的传播导致影响力不小，很多人也因此认识了他们，实际上龙吉公主和三宵娘娘是不被正统所承认的。
既然这是个纯粹的娱乐性问题，就不必过于较真，按照她们的地位和来历以及战绩等因素排个名。
首先排第一的肯定是九天玄女，这个相信没人会有异议。九天玄女又被称为九天娘娘、九天玄女娘娘等，是中国神话体系中一位上古时代就存在的女神。相传九天玄女娘娘还是黄 帝的老师，传授过黄 帝兵书战策，帮助黄 帝在涿鹿之战中战胜了蚩尤。九天玄女娘娘也因此被吸收进道 教的神话体系中，尊为术数之神。九天玄女娘娘传说中还是殷商的开创者。
排第二的应该是龙吉公主。她是《封神演义》中作者原创的一个虚拟人物，是昊天上 帝和瑶池金母所生，因此被称为公主。后来因为违反天条被罚下界，为了能重返天界，她急欲立下功劳，因此选择帮助西岐征讨殷商纣王，曾打败刘环、胡雷，打伤了封神之中号称圣人之下第一人的孔宣，擒获洪锦，后来在万仙阵中失手被截教众仙所杀，死后上了封神榜被封为红鸾星。
排三四五位的是三宵中的云霄、琼霄、碧霄三人，他们之中以云宵为长。三人也是《封神演义》中作者原创的虚拟人物，是通天教主所建截教中的重要战力，三人是公认的截教外门弟子第一人，后来的财神赵公明的师妹，曾经摆下九曲黄河阵，让破阵的十二金仙吃了大亏，个个被削去顶上三花，闭了胸中五气，修为大跌。后来被太上老君、元始天尊亲自出手或擒或杀，上了封神榜后被封为“感应随世仙姑”。论战绩和地位三人是比不上龙吉公主的。
所以说按照地位和法力等因素综合考虑，五人的排名按顺序应该是九天玄女、龙吉公主、云霄、琼霄、碧霄。
神话传说，指的是民间传说中不可思议或者超出自然故事的统称。
其又细分为“神话”和“传说”两个部分，不同的是“神话”偏重于关于人神的起源、初始的来历，而“传说”则偏重于口头流传、文学作品描述等对于世界来源及英雄故事的说法。
若要解答题主的问题，我们首先得弄清楚问题中关于“九天玄女”、“龙吉公主”、“三霄娘娘”的出身和来历。
九天玄女：
九天玄女简称“玄女”，又称之为“九天娘娘”。她是我国上古神话体系中传授过兵法的女神，这一点在《云笈七签》有明确记载：
九天玄女者，皇帝之师圣母元君弟子也。九天为乾金之象，性刚好动。九天之方，可以扬兵布阵……
后来道教将她奉为女仙，于民俗信仰中她声名、地位不太显赫，但她的形象在《水浒传》等古典文学名著中都有出现。
如《水浒传》中的第四十一回《还道村受三卷天书|宋公明遇九天玄女》。
龙吉公主：
首先要做说明的是，“龙吉公主”是小说《封神演义》中所虚构的人物，正史上没有关于她的记载，她也没有什么神话传说。
据《封神演义》原文交代，龙吉公主是“昊天”之女，是“瑶池金母”所生。在《封神演义》的故事剧情中，她名登“封神榜”之后，被姜子牙敕封为“红鸾星”。
三霄娘娘：
“三霄娘娘”是云霄、琼霄、碧霄三位仙子的合称，也是小说《封神演义》中为作者所“创作”出来的人物。
据小说原文交代，云霄娘娘是截教门人，为通天教主座下外门四大亲传弟子之一。而琼霄、碧霄两位女仙在原文中没有过多的单独描述（但可知的是“三霄”为一体，排名是云霄为最，琼霄居中，碧霄最末）。
小说原文中有写道：
“今奉太上元始敕命，尔云霄等，潜修仙岛，虽勤日夜之功。得道皇天，未登大罗彼岸……为感应随世仙姑正神之位。”
不同于“龙吉公主”的是，“三霄娘娘”是我国神话传说里的三位女仙。
那么题主的问题：神话传说中九天玄女、龙吉公主、三霄娘娘五位女神如何排名了？
我的解答思路有三个，分别是她们在神话体系中的差距、于文学作品中的身份、地位、年代背景。
神话体系的差距：
通过上述资料我们可以得知的是，“九天玄女”不仅来自我国的上古神话体系，也被道教奉为高阶女仙，于民俗中也有信仰。
“龙吉公主”却只是小说《封神演义》中所虚构出来的人物，而“三霄娘娘”是我国神话传说的三位女仙。
如果按照上古神话体系早于道教神话体系来看，排名第一的是“九天玄女”，其次是“三霄娘娘”，最后是“龙吉公主”。
文学作品中的身份、地位：
据说九天玄女的原始形象为玄鸟，而《诗经商颂玄鸟》中有记载：
“天命玄鸟，降而生商。”
也就是说，九天玄女是奉天帝之命，为商朝的始祖。
而龙吉公主在《封神演义》中是“昊天”之女，至于“三霄娘娘”，则是《封神演义》中的截教门人。
按她们的身份、地位来看，龙吉公主身份显然最为高贵，所以排第一，其次是九天玄女，最后是“三霄娘娘”。
年代背景：
有资料显示，九天玄女的信仰发源时间最早可追溯到秦朝以前，这一点通过汉代的文献《龙鱼河图》的记载可以得知。
而龙吉公主和“三霄娘娘”出自小说《封神演义》，《封神演义》成书于明代，其故事年代背景却是商、周时期。
按起源时间和年代背景来看，这五位女神的排名为九天玄女第一，其次是“三霄娘娘”，龙吉公主为最后。
