想把这个问题说清楚就不得不牵涉到宗教问题，作为无神论者，我想自己可以不带主观情绪的描述。其实我们统称的基督教并非一个高度集中的整体，它是由若干个教派组成的，虽然他们同样信仰上帝。就如同我们的儒学一样，虽然都奉行孔孟之道，但对圣人言行的解释和儒家典籍的真伪存在分歧，儒家大体可分新、旧两学，又由此演进出理学、心学等学说。我对儒家学说认识浅薄，就不再细说了。
还是把话题说回基督教，从历史的角度看，基督教经历过两次大规模的分裂，第一次是在1054年前后，由于东西罗马帝国长时间分裂，造成基督教内部跟随帝国长时间缺乏交流，所受文化影响也不同，最后分裂成了希腊正教和罗马公教。希腊正教就是我们现在说的东正教，目前在俄罗斯为主的东欧一代深入，而罗马公教则在西欧落地生根，就是我们所说的天主教。
天主教在随后的时间里发展到了瓶颈，他们对外与世俗国王的矛盾开始尖锐，对内关于教义的理解也存在差异。于是在1309年，外部矛盾先爆发，教宗克雷芒五世被法兰西国王给掳走了，虽然被继任的国王送了回去，但无可避免的威信受到极大冲击，并且开始分裂。而内部矛盾则在1415年彻底爆发，波西米亚宗教改革者杨胡斯被判异端，执行火刑。这激起了当地贵族的反弹，他们冲进市政厅把市长和七个议员从窗口扔了出去，丢进外面示威的人群中，额...示威人群是拿着长矛的。这次事件称为第一次掷窗，也由此引发了长达15年的胡斯战争。虽然在战争结束后天主教名义上恢复统一，但新教的萌芽已经开始成长，波西米亚也已经成了一个火药桶。
1555年神圣罗马帝国皇帝承认了波西米亚的现状，1609年更进一步允许其宗教自由，局面开始向和解方向扭转。但1617年一位新任波西米亚国王改变了这一切，这位斐迪南大公出身哈布斯堡家族，同时是一位天主教徒。他就任后执行了一系列激化矛盾的举动，结果布拉格的新教徒在1618年再次起义，他们冲击城堡把两名帝国大臣和一个书记官又一次从窗户扔了出去。幸运的是窗外没有拿长矛的群众，不幸的是他们落进了肥堆。之后新教徒宣布波西米亚独立，但旋即被镇压。
本来的地方起义很快影响到了各个国家，法国不能容许再出现掌握实权的神圣罗马帝国皇帝，英国担心女婿的命运，一场席卷欧洲的战争就此展开。丹麦、瑞典、法国、西班牙、荷兰先后参战，从1618年波西米亚起义开始，一直打到1648年签订《威斯特伐利亚和约》，长达30年之久。欧洲的人口锐减，国家再次碎片化，新教也完成了相对于天主教的事实独立。
总结起来第二次掷窗时间所以成为欧洲大战的导火索，显性原因是长期的教派内部矛盾造成本身分裂，以致于神圣罗马帝国的诸侯们分裂。隐性原因则是世俗国王们不甘心被天主教廷长期干涉，暗中推波助澜。最后变成了一场你中有我，我中有你的大乱斗，说来有趣的是，促成反哈布斯堡联盟的黎塞留即是法国宰相，又是天主教机枢。
“三十年战争”在欧洲比较出名，不过它可没持续30年，只是在30年里发生13次战争，缔结10份合约。换句话说，这些战争都是个别的战争，只是套上1个大概念“三十年战争”。
三十年战争的导火索是“波希米亚宗教纠纷”，波希米亚是什么地方呢？二战期间，希特勒进攻捷克斯洛伐克，后者大体上就是神圣罗马帝国时期的“波希米亚”，这下大家理解了吧。
德意志人统治捷克人始于14世纪，德意志人的“和亲”赢得统治权，但捷克贵族一直有点不服气。16世纪的时候，哈布斯堡家族入主波希米亚，并确立拥有波希米亚的世袭统治权。
1618年5月23日，布拉格城发生“掷出窗外事件”，波希米亚人将3个官员掷出窗外……神奇的是他们居然毫发无伤，要知道从窗口到护城河足足有17米。
事情的发生，一方面说明波希米亚贵族和哈布斯堡家族的不和，另一方面说明本地新教徒不想接受天主教的哈布斯堡家族。总而言之，信奉天主教的德意志人受到捷克新教徒的排斥。
既然不要哈布斯堡家族，捷克人就要重新选择国王，他们看上萨克森选帝侯约翰乔治一世，然而后者根本不愿意。因为统治萨克森的韦廷家族，可是哈布斯堡家族的大忠臣，这个标签经得起历史的检验。
于是，捷克人就把王冠送给神圣罗马帝国的另一位选帝侯普法尔茨的腓特烈五世，这个人是新教诸侯的领袖，也是英王詹姆斯一世的女婿。
那时候的神圣罗马帝国早就四分五裂，哈布斯堡家的斐迪南二世刚被选为神圣罗马帝国皇帝，就得知自己在波希米亚的王位丢失，而得到王位的是他麾下的选帝侯。
斐迪南二世得到西班牙、巴伐利亚的支持。而英国为联合西班牙对抗法国，詹姆斯一世抛弃自己的女婿腓特烈五世，转而支持哈布斯堡家族。
另外，还有1个隐形的帮手约翰乔治一世（上面提到他的家族是大忠臣），他路德宗的新教军队，攻打加尔文宗的新教军队，后者属于腓特烈五世。
于是，哈布斯堡的帝国军队带着绝对的优势，向普法尔茨的腓特烈五世开战，三十年战争随即爆发。斐迪南二世没花什么力气，就重新拿到波希米亚，但是他企图重建专制皇权的野心引发接下来的动乱。就这样，宗教引发的三十年战争就变成事关神圣罗马帝国体制的大战，从而引发整个欧洲的冲突。
