上海南站途经的地铁有：上海地铁1号线、上海地铁3号线、上海地铁15号线。上海南站站，位于上海市徐汇区沪闵路南侧、上海南站下方，柳州路西侧，是上海申通地铁股份有限公司管辖的地铁车站，是上海地铁1号线、上海地铁3号线和上海地铁15号线的换乘站，也是3号线的终点站。
上海地铁1号线，是中国上海市境内第一条开通运营的地铁线路，标识色为红色。上海地铁1号线起于闵行区莘庄站，途经闵行区、徐汇区、黄浦区、静安区、宝山区，止于宝山区富锦路站。
上海地铁3号线，又称明珠线，是上海第三条建成运营的线路，标志色为黄色。上海地铁3号线南起徐汇区上海南站站，沿途长宁区、普陀区、静安区、虹口区，北达宝山区江杨北路站。沿途经过鲁迅纪念馆、中山公园、虹口足球场等多个景点和建筑。
上海地铁15号线是中国上海市第十七条开通运营的地铁线路，于2021年1月23日开通运营，标志色为香槟金。上海地铁15号线线路北起宝山区顾村公园站，途经普陀区、长宁区、徐汇区，南至闵行区紫竹高新区站。
