1928年，动物研究所的前身——静生生物调查所成立。
中国科学院动物研究所
解放后，接收了原徐家汇博物馆（创建于1860年，1930年后改称震旦大学博物院）和北平研究院动物学研究所（创建于1929年）的部分资料、标本和设备。1950年，成立了中国科学院昆虫研究室（发展为昆虫研究所）和动物标本整理委员会（发展为动物研究所）。
1962年，昆虫研究所与动物研究所合并，成为新的动物研究所。
1981年，国务院学位委员会批准动物研究所为中国首批具有博士、硕士学位授予权单位。
1988年，经全国博士后管委会批准建立博士后科研流动站。
1994年，获准为博士生导师自行评定单位。
1998年，被国务院学位委员会首批批准为一级学科博士、硕士学位授予权单位。
2000年，进入中国科学院知识创新工程系列。
2006年，动物研究所与河南济源白云实业有限公司联合共建的企业博士后科研工作站获得国家人事部批准。
2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地。
设备资源??设施设备
中国科学院动物研究所国家动物博物馆
截至2014年3月，中国科学院动物研究所共拥有6个仪器平台，拥有流式细胞仪、激光（双光子）共聚焦显微镜、紫外显微切割系统等大中型仪器设备共计50台件，设备原值总计5866.46万元，其中120万元以上的大型共享仪器设备合计22台件，价值4631.42万元。??馆藏资源
据2015年9月研究所官网信息显示，中国科学院动物研究所国家动物博物馆动物标本馆共有各类动物标本530余万号，约占中国科学院生物标本收藏总量的1/3，馆藏标本几乎包括了在中国分布的各主要类群和代表性种类，收藏范围则包括了台湾省在内的中国各地的标本以及二十余个国家的标本。此外，该所还拥有总藏书量24.9万余册及图书资料较为齐全的专业图书馆以及计算机网络中心。
人员编制动物研究所领导班子
据2015年9月研究所官网信息显示，中国科学院动物研究所共有正式职工419人，其中中国科学院院士2人，国家“万人计划-科技创新领军人才”入选者1人，国家入选者1人，国家“青年”引进人才8人（其中入选者5人、2014年申报候选人3人），中国科学院“百人计划”入选者30人，国家“百千万人才工程”入选者16名，中国科学院先导专项首席科学家2人，国家“973”计划或重大研究计划项目首席科学家12人，国家自然科学基金委“创新群体”1个，中国科学院海外创新团队2个，“国家杰出青年基金”获得者26人，何梁何利科学与技术进步奖获得者2人，周光召基金会“杰出青年基础科学奖”获得者1人，中国科学院卓越青年科学家奖获得者1人。中国科学院院士（2人）：
康乐、刘以训国家入选者（1人）：林鑫华
中国科学院“百人计划”入选者陈大华陈佺戴家银杜卫国段恩奎赵建国高飞韩春生胡宝洋蒋志刚焦建伟赵勇金万洙李磊李孟华李卫李向东郑爱华刘长梅刘峰孙钦秒谭铮唐铁山周琪陶毅滕兆乾王宇王海滨张德兴朱顺义国家杰出青年科学基金获得者陈大华陈佺戴家银黄大卫蒋志刚周琪康乐雷富民李枢强梁爱萍刘峰周光飚乔格侠孙江华孙青原谭铮王琛柱赵勇王德华王海滨王红梅王雁玲魏辅文张知彬张德兴张润志科研部门据2015年9月研究所官网信息显示，中国科学院动物研究所建有3个国家重点实验室，2个中国科学院重点实验室，还设有野生动物疫病研究中心、干细胞与再生医学研究中心、计算与进化生物学研究中心和外来有害生物鉴定与预警研究中心等四个联合研究单元以及五个中外联合研究中心。
国家重点实验室（3个）：
农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室、计划生育生殖生物学国家重点实验室、生物膜与膜生物工程国家重点实验室中国科学院重点实验室（2个）：
动物生态与保护生物学院重点实验室、动物进化与系统学院重点实验室中外联合研究中心（5个）：
中法哺乳动物胚胎细胞生物学联合实验室、中美野生动物疫病研究中心、计算和进化生物学研究中心、中澳分类学虚拟实验室、细胞治疗国际联合研究中心科研成果2009至2013年，动物研究所作为第一完成单位共计发表SCI论文1197篇，其中在SCI TOP15%期刊发表论文419篇，在IF≧5期刊发表论文182篇。2009至2013年，动物研究所共获得国家科技进步二等奖2项、中国科学院杰出成就奖2项、省部级科技奖励11项。
??论文发表
根据中国科学技术信息研究所2013年9月27日发布的“中国科技论文统计结果”显示，动物研究所2003-2012年SCI论文累计被引用篇数在中国科研机构中排名第18名（被引用1896篇，被引用次数14882次，篇均7.85次，全国平均值为6.92次），连续3年进入中国科研机构排名前20名（2011年度排名第20名、2010年度排名第19名）；动物研究所在2012年度SCI收录中国生物领域科技论文数量在中国科研机构中排名第17名，也连续3年进入前20名（2011年度排名第18名、2010年度排名第16名）；动物研究所在2012年度Medline数据库收录论文数量在中国科研机构中排名第10名。
根据《中国科学院生物类研究所论文与引文统计（2008-2013）》，动物研究所在SCI第一著者论文收录中从2008年的316篇上升到2013年的402篇，6年间增长了27%，动物研究所的各项统计排名均位居前列。报告中的人均收录论文情况显示，SCI、SSCI、CPCI、EI期刊中共收录动物研究所2304篇论文，人均7.20篇，排名第二；CSCD期刊共收录动物研究所930篇，人均2.91篇，排名第四。动物研究所SCI全部著者论文收录2301，排名第三；SCI第一著者论文收录1442篇，排名第三。
??科技创新
在细胞编程与重编程方面，利用CRISPR-Cas技术首次在重要模式动物大鼠上实现了多基因同步敲除，并证明此技术引入的基因修饰可通过生殖细胞传递到下一代，该突破对于推动利用大鼠进行基因功能研究和大鼠在生物医学研究中的应用具有重要作用；利用果蝇和斑马鱼为模式，发现Smurf通过位点特异性的泛素化修饰Ptc蛋白，正调控Hh信号通路活性，这一机制有利于生物体内信号受体细胞对外源Hh信号进行有效解读，并在维持信号的稳定传递上起重要作用；成功建立了大鼠单倍体胚胎干细胞系，并证明其在长期培养过程中仍可维持单倍性和多能性，这一工作将对人类疾病模型研发和开展基因功能研究起到重要的推动作用。
在有害动物调控机制方面，成功破译飞蝗基因组图谱并揭示其食性、迁飞和群聚的奥秘，为更好的揭示蝗灾爆发机制以及开发可持续性治理策略和新的控制方法提供了宝贵的基因组资源，也为推动蝗虫成为研究人类疾病和行为的生物医学模型奠定了重要的基础；基于多年研究成果的积累，从蝗虫型多态现象的进化、型变的分子基础和调控机制等方面系统阐述了近十年来在蝗虫型变分子调控机制的研究进展，并提出了未来研究中要面临的挑战和机遇，对于加深人们对蝗虫型变机制的理解以及蝗灾可持续治理新策略和新方法的开发，都具有重大意义；全面系统阐述了关于红脂大小蠹入侵机制和综合防控理论；在松材线虫转型发育及其与媒介天牛-蓝变菌共生互作方面取得新进展。
在动物进化与保护方面，重建了大熊猫800万年的种群分化历史，指出虽然现生大熊猫的三个遗传种群均具较高的遗传多样性和进化潜力，但是其栖息地破碎化现状及隔离种群间有限的基因流再得不到有效改善，他的遗传多样性将会在未来缓慢丧失；从基因组水平进一步确证了地山雀是“山雀”而非“鸦”，并发现其基因组中与能量代谢相关的基因家族发生了扩张、与免疫和嗅觉相关的基因家族发生了收缩以及与低氧反应和骨骼发育相关的基因经历了正向选择和不同程度的快速进化，揭示了地山雀为适应青藏高原的特殊环境，产生了基本的生存适应策略演化。
学术刊物中国科学院动物研究所主办的学术刊物有7种，分别是《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》、《昆虫学报》、《动物分类学报》、《动物学杂志》、《应用昆虫学报》，其中《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》是SCI收录的期刊，其影响因子依次为1.814、1.514和1.419。其他4种刊物为中国自然科学的核心期刊。自2002年起，动物研究所出版内部刊物《动物研究所所刊》。
??《昆虫学报》
昆虫学报
《昆虫学报》是中国科学院动物研究所和中国昆虫学会共同主办的昆虫学学术刊物，于1950年创刊，登载有关昆虫形态、生理、生化、病理、毒理、生态和系统学等昆虫学各分支学科的原始研究论文、简报和综述等中英文论文。该刊为中国核心期刊，2000年获中国科学院优秀期刊二等奖，2001年被评为中国期刊方阵双百刊物，被《中国学术期刊文摘》、《中国生物学文摘》、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》（BA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、英国CAB文摘数据库和德国的“ ISPI Pest Directory Database ”等重要文摘和数据库收录。??《动物分类学报》
《动物分类学报》是一本颇具影响的学术性期刊，是中国自然科学核心期刊之一，主要报道有关动物分类学、形态学、系统发育和动物地理学等领域的最新研究成果；主要栏目有研究论文和简报。该刊被俄罗斯《文摘杂志》、美国《生物学文摘》、美国《生物科学》、美国剑桥科学文摘社、英国《动物学记录》、日本《科学技术文献速报》、英国《国际农业与生物科学》等重要文摘和数据库收录。
??《动物学杂志》
《动物学杂志》于1957年创刊，是由中国科学院动物研究所、中国动物学会主办的科技期刊，亦是中国自然科学核心期刊，是入围中国期刊方阵的双效期刊，并同时被中国各大数据库及英国《动物学记录》、美国《化学文摘》、俄罗斯《文摘杂志》等收录。该刊的主要栏目有研究报告、珍稀濒危动物、技术与方法、自然保护区、基础资料、研究简报和快讯、综述与进展、专题知识讲座、科技动态、新书评介等。
??《应用昆虫学报》
《应用昆虫学报》原名《昆虫知识》，创刊于1955年，由中国昆虫学会和中国科学院动物研究所主办，被CA、EA、AE、RAE、AJ、《水稻文摘》、《农业昆虫学文摘》、《农业文摘—植物保护》、《中国生物学文摘》、 《中国林业文摘》、《中国科学文献数据库》、《中国学术期刊》（全文库）、《中国期刊网》、《中国科学引文数据库》（CSCD）、《中国科技论文统计与分析数据库》（CSTPC）等收录。
学科建设截至2014年3月，中国科学院动物研究所共有6个二级学科硕士点、6个二级学科博士点，并设有2个博士后流动站。
二级学科硕士点（6个）：
基因组学、动物学、发育生物学、细胞生物学、生态学、生物工程二级学科博士点（6个）：
基因组学、动物学、发育生物学、细胞生物学、生态学、生物工程博士后流动站（2个）：
生物学、生态学教学建设据2015年9月研究所官网信息显示，中国科学院动物研究所共有流动人员834人，其中在站博士后115人，在读注册博士和硕士研究生528人（其中博士研究生316人，硕士研究生212人），另有与其他高校、科研院所联合培养的研究生137人。
2005年，动物研究所博士研究生李文东作为第一作者，动物研究所为第一完成单位，在《科学》杂志发表一篇关于SARS研究的文章并于2006年度获得了中国科学院院长特别奖。2006年（郑艳华博士）、2007年（李文东博士），共获得两篇中国科学院优秀博士论文。
形象标识??所徽
中国科学院动物研究所所徽
整体标识以动物研究所英文缩写"IOZ"的变形为主体，也突出了“动”字的变形，上方圆点与下侧半开O型图案表现了天地之合，中央Z型图案意喻生命科学漫长探索之路，延升之剑尾寓意科学高峰永无止境；标识整体色彩以蓝色为主，显现海之博大、天之浩瀚，天地间中国科学院动物研究所似雄鹰展翅搏击长空、如巨龙盘踞蓄势待发；红色闪光圆点表达了动物研究所的活力和热情；整体设计体现动物研究所探索、追求、发展、超越的完整理念。??理念
探索、追求、发展、超越
文化活动动物研究所自主组织开设“研究生思想政治课程暨研究生综合素质教育系列讲座”，每年度特别聘请中国及其他国家著名专家、学者，莅临研究所讲授心理、伦理道德、人文历史、军事、政治经济、艺术等领域的热点问题，着力将理论与实际，爱国教育与个人修养融为一体。
