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1950年9月的一天，离13岁生日还差3个多月时做出了一个惊人之举，瞒着父母和家人，背着书包追赶曾在他们村里住过的剿匪部队———李德生师长带领的某师某团，成为该团宣传队中年龄最小的一名女兵。时隔不久，朝鲜战争爆发，所在师奉命参加抗美援朝，因不满13岁被留在国内，分配到西南军区后勤部文工队，后又合并到军区后勤文工团，从此成了正儿八经的文艺兵，一干就是10年。其间还在海政文工团、东海舰队文工团工作了一段时间。刚到文工团时跳舞；后来发现声音好，又让领唱，有时候还担任独唱，演歌舞剧，如《牧童山歌》《刘海砍樵》等；排演话剧，也安排了不少角色，如《人往高处走》《三个战友》《明朗的天》等等。演艺经历1950年参加中国人民解放军，从事军队文艺工作。
1959年调中央电视台任导演至今，被选调该台文艺部，成为主要编导之一，在屏前幕后的职业生涯中，编导制作了各类电视节目一千多台。
60年代和70年代初编导播出了《东方红》《白毛女》《天鹅湖》《茶花女》《长征组歌》等大型文艺节目。
80年代以来主要担任电视文艺专题、大型晚会的导演，是中国电视文艺和春节晚会的主要开拓者。
1979年、1980年、1983年、1987年、1988年等中央电视台春节晚会，举世瞩目的第十一届亚洲运动会开幕式、闭幕式现场转播，富有历史意义的国庆四十周年大型晚会《我爱你，中国》等等。多次获得国内外各种奖励。执导的多台节日晚会以及专题电视艺术片《在希望的田野上》《毛泽东诗词》《百年恩来》《第十一届亚运会开、闭幕式电视转播》《黄山》《自古华山》《林都伊春》等，得到各界的普遍赞扬。主办节目中推出的歌曲《在希望的田野上》《同一首歌》《你是这样的人》《春天的故事》《血染的风采》《思念》《烛光里的妈妈》《今天是你的生日，我的中国》《故乡的云》《冬天里的一把火》等，也为人们所喜爱和广为传唱，由她执导拍摄的电视专题艺术片《百年恩来》等多部作品荣获中国电视金鹰奖、中宣部“五个一工程”奖等。
1989年受领了国庆40周年大型文艺晚会总导演的任务。
1998年任总导演的电视专题艺术片《百年恩来》，获中国电视艺术金鹰奖优秀长篇纪录片奖及首届全国文艺音像制品特别奖。著有《邓在军电视艺术汇编》《邓在军电视艺术》《缪斯的女儿—邓在军》等。
2018年5月27日为弘扬周恩来精神，挖掘其现实意义以激励当代青年，《相会中华腾飞时·传世经典颂恩来》诗歌咏诵汇在周恩来母校天津市南开中学录制。
任中央电视台高级编导，中国文联全国委员会委员，中国电视艺术委员会委员，中国电视艺术家协会理事，中国少数民族声乐学会理事，中国人口文化促进会理事，北京师范大学、上海交通大学兼职教授等职。
邓在军编导的电视作品，充满对祖国对人民的热爱、对生活对艺术的热情，具有浓郁的时代特色和独特的创作个性，大气磅礴且有传神之笔，人们给予很高的评价。她多次获全国电视大奖，其中十多次获中国电视文艺“星光奖”，包括“最佳节目奖”、“最佳导演奖”，中国电视艺术“金鹰奖”，中宣部“五个一工程奖”。她的艺术成就在国际上也有着广泛影响。第十一届亚运会开、闭幕式的成功转播，获亚广联特别奖。英国剑桥国际传记中心以“在电视艺术领域的突出贡献”，授予邓在军国际勋章。以池田大作为名誉会长的日本创价学会，授予她“日本创价女子大学荣誉奖”。她还应邀出席在美国洛杉矶召开的世界杰出妇女大会。
邓在军对人坦诚、豁达热情，在电视界、文艺界有着很好的口碑。姜昆说：“不论大腕、小腕，她都能拢到一块儿”。她的敬业精神在圈子内也是有名的，曾两度患癌症，四次做大手术，不止一次昏倒在编导现场，抢救后仍坚持工作，被同事和朋友誉为“拼命女郎”。为此，她被评为中央电视台“好编导”和中国首届“德艺双馨百佳电视工作者”。
邓在军的丈夫周尔均将军是周恩来总理的侄儿，原任国防大学政治部主任，是第八届全国人大代表、中国人民解放军功勋荣誉章获得者。上个世纪50年代，他和邓在军都在西南军区后勤部工作，经过热烈的初恋，1958年春节，邓在军成为他的新娘。结婚后，他们夫妻相濡以沫、患难与共、互敬互爱地携手走过了50年人生旅程。在朋友和同事们眼中，他们的婚姻是最忠诚和最成功的婚姻。他们抚育的四个子女，也都事业有成，继承和发扬了良好的家风。因此，天津市政府和全国妇联2005年授予邓在军“感动中国的母亲”的称号。
时间奖项1993年被英国剑桥国际传记中心理事会一致通过，以其“在电视艺术领域作出的突出贡献”授予国际勋章1998年被中国电视艺术家协会推选为首届“中国百佳艺术工作者”
