内札萨克蒙古原分为二十五部，编为五十一旗。康熙年间，归化城土默特左右翼二旗改为内属，置归化城副都统。乾隆以后，内蒙古共二十四部，四十九旗，设六盟：
哲里木盟科尔沁部六旗
扎赉特部 一旗
杜尔伯特部 一旗
郭尔罗斯部 二旗
昭乌达盟敖汉部 一旗
奈曼部 一旗
巴林部 二旗
扎鲁特部 二旗
阿鲁科尔沁部 一旗
翁牛特部 二旗
克什克腾部 一旗
喀尔喀左翼部 一旗
卓索图盟喀喇沁部
三旗土默特部 二旗
锡林郭勒盟乌珠穆沁部 二旗
浩齐特部 二旗
苏尼特部 二旗
阿巴噶部 二旗
阿巴哈纳尔部 二旗
乌兰察布盟四子部落 一旗
茂明安部 一旗
乌喇特部 三旗
喀尔喀右翼部 一旗
伊克昭盟鄂尔多斯部 七旗
由山海关入贡：科尔沁、扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯四部由喜峰口入贡：阿鲁科尔沁、扎鲁特、喀尔喀左翼、喀喇沁、土默特、奈曼、敖汉、翁牛特八部由独石口入贡：巴林、克什克腾、浩齐特、乌珠穆沁四部及阿巴噶左翼旗、阿巴哈纳尔左翼旗由张家口入贡：苏尼特、四子部落、喀尔喀右翼、茂明安四部及阿巴噶右翼旗、阿巴哈纳尔右翼旗由杀虎口入贡：归化城土默特、乌喇特、鄂尔多斯三部
设官
主要有：
盟长、副盟长，每盟各置一人，于该盟所属札萨克、闲散王公内简选。札萨克（扎萨克），即旗长，每旗一人，掌管一旗政令，一般可以世袭。协理台吉，每旗二人或四人，协助札萨克办理旗务。管旗章京，每旗一人；副章京每旗二人。参领，每六佐领置一参领。佐领，每苏木（“佐”）设佐领一人（也有例外），相当于乡长。骁骑校，每苏木一人。什长，每十户设一什长。
内札萨克之爵位有札萨克和硕亲王、札萨克多罗郡王、札萨克多罗贝勒、札萨克固山贝子、札萨克镇国公、札萨克辅国公、札萨克台吉（一至四等）、塔布囊（一至四等）。
内札萨克各旗蒙古兵由本旗札萨克及其所属盟长统领，“盖内札萨克多从龙功臣，而游牧之地悉附近盛京、直隶、山西、陕西一带，与外札萨克之后来归附、远在漠北者有别。
