仲奇临床首重望诊，不忽问诊，亦向病人解释病因，有病人赠诗云：“入门先减三分病，接坐平添一段春”。处方立案字斟句酌，一丝不苟：书法精良，曾受到黄宾虹称赞，很多病人珍藏他的处方笺。仲奇承家学，而能博涉诸家．变通化裁，不为前人所囿，同道中评当时沪上医家，法古而又能出新意者，每并举“丁(甘仁)、王(仲奇)。”且少门户之见，常涉猎现代医学，主张中西医互相学习，得到著名西医丁福保、顾毓琦、沈克非等人推崇。
王仲奇治医治学，遵循早用功、广涉猎、勤实践、贵有恒等原则，博览群书，又一丝不苟，临床数十年，暇时仍不废读。其学术远溯张仲景、孙真人以及诸家之学，近效孙一奎、程杏轩并及叶天士、徐泗溪诸家之书，而于乡先辈吴谦服膺尤深，曾以《医宗金鉴》一书为治医者根应之学，平日辨证立方，论理引经据典，融医治于一炉；遣药则经方时方并用，反映出博采与灵通的治疗特色。
王仲奇是中医临床医学家，一生行医四十余年，擅治内、妇科杂病，早年以治温病见称乡里，迁沪以后，可治的内科疑难病证为多。先生自己曾希望在五十岁以后能坐下来总结一下经验，选编一部反映自身诊疗特色的个人医案，但是一直因诊务繁忙而没有得到这个闲暇时间，也就没有留下来专门著作。1992年安徽科技出版社出版了《王仲奇医案》，是书收载709案，分为40门。这其中一部分是先生平日所治的亲自笔录，大部分则为从学者当年临诊随抄的病案。虽然这部医案选集只能是先生毕生临床活动的一个侧面，实不足以概括其全部的医学思想和临床经验，但确能在一定程度上体观其法活机圆，配伍精契的诊疗特色。清．周徽之曾谓：“宋后医书，惟案好看，不似注释后医书之多案凿也。”这话是有一定道理的。评价一位医家的学术经验，其立论是否渊源有目，融会贯通；其治法是否经得起实践检验，医案最具代表性，最有说服力。
