福田口岸的出入境边防检查由皇岗边检站担负。2007年4月，皇岗边检站经国务院批准，升格为副厅级建制。担负着对皇岗、福田地铁口岸和福田保税区的出入境中外籍旅客、交通运输工具实施边防检查及口岸限定区域的警戒、管理工作。2000年6月28日货检启用“快捷通”查验系统；2003年1月27日，旅检实施24小时关；2006年6月初，货检、小（客）车通道、福田保税区“快捷通””查验系统全面升级为“全自动快捷通”系统。
交通路线旅客乘坐地铁4号线可直达福田口岸联检大楼地下一层，此外，大楼西广场设置了公交车站，目前开通了52、203、241三条公交线路。
福田口岸位于深圳市福田区，位于裕亨路与桂花路交叉口，毗邻香港。是“一国两制”的交汇点，西距福田红树林生态公园3千米，东距皇岗海关与皇岗口岸分别为500米、1千米。总用地面积62962平方米，总建筑面积82035.85平方米，设入出境大厅各一层，出入境通道共146条。
口岸每日6:30时开闸，22:30关闸，口岸运行16小时。出入境旅客主要乘坐深圳地铁4号线（龙华线）和港铁东铁线。最后由上水站开出列车为22：11分。
建筑结构福田口岸由人行通道桥和旅检大楼组成。人行通道桥连接福田口岸联检大楼和香港九广铁路落马洲管制站，上下两层，单向行走，桥内有自动步行梯分别供深港出入境旅客使用，其中上层为出境，下层为入境，桥内有自动步行梯。旅检大楼二层为入境旅检大厅，三层为出境旅检大厅。
出境大厅内设有边检通道78条（自助式通道20条、人工验放通道58条），入境大厅内设有边检通道68条（自助式通道20条、人工验放通道48条），设计日过境旅客通过能力为25万人次。
人行通道桥工程横跨深圳河，连接福田口岸联检大楼和落马洲支线管制站，是连接深圳地铁4号线和香港港铁落马洲支线的口岸枢纽工程。
设计参数福田口岸总用地面积62962平方米，总建筑面积82035.85平方米，口岸旅客查验大厅面积约为12000平方米，建筑主体东西长212米，南北栋深88.5米，总高度24米，设计通关能力每日25万人次，高峰日40万人次。连接福田口岸至落马洲人行通道桥长240米，深方116米，港方124米，桥宽16.5米，上下两层，单向行走，桥内有自动步行梯（深圳一方每层有一部长80.5米的自动步行梯），分别供深港出入境旅客使用（上层为出境，下层为入境）。口岸查验机构有海关、边检、检验检疫局，服务机构有省公安厅驻深签证处，经营单位有银行、免税店服务等。
福田口岸全景
2004年12月，福田口岸动工建设。
2005年12月26日，福田口岸完成联检楼封顶工程。
2006年6月20日，福田口岸联检楼工程进入整体装修阶段。
2007年6月1日，中国国务院同意福田口岸对外开放，并作出相应回复。6月5日，福田口岸设施全部安装就位。6月20日，福田口岸联检大楼内的地铁皇岗站试运行。7月11日，福田口岸联检楼由建设单位市建筑工务署移交给深圳市人民政府口岸办公室。7月31日，福田口岸通过验收。8月3日，福田口岸通过中国国家口岸办验收。8月15日，福田口岸开通运营。
2011年12月1日，福田口岸新信息采集中心启用。
2014年6月，福田口岸进行综合节能改造。11月，福田口岸综合节能改造工程竣工。
2016年8月，福田口岸完成视频监控系统升级改造工作。11月22日，福田口岸开展旅检入境大厅布局改造。
2018年6月25日，福田口岸出境大厅进行自助通道扩建改造。7月25日，福田口岸出境大厅改扩建自助查验通道全面竣工，并投入使用。
运营时间据2019年5月深圳市人民政府口岸办公室显示，福田口岸运营时间如下
开闸时间关闸时间运行时长（小时/天）06:3022:3016客货运量2007年8月15至2008年8月15日，福田口岸共验放旅客1500万人·次。
2015年1月24日，福田口岸出入境旅客逾22.3万人·次。
2016年，福田口岸出入境旅客6342.6万人·次，日均17.33万人·次，同比增长2.4%。
2019年4月30日到5月3日，福田口岸出入境旅客达75万人·次，日均18.7万人·次。
社会车场2009年3月，福田口岸在东侧方向设立社会停车场，旅客可前往该广场进行汽车搭乘。
轨道交通2006年，深圳市地铁集团有限公司在福田口岸设地铁站福田口岸站（原皇岗站），途径该站的轨道交通线路为深圳地铁4号线。
2020年08月18日，深圳地铁10号线正式开通，地铁10号线起于福田口岸站，途经福田区、龙岗区，止于双拥街站，线路全长29．3公里，共设24座车站（岗厦北站暂未开通）。
2012年10月，在由中国国家质检总局组织举办的“中国质量发展论坛”上，福田口岸荣获“首批通过世界卫生组织口岸核心能力考核达标口岸”称号。
“关爱
跨境学童助通关”
2017年6月20日，深圳市人民政府口岸办公室在福田口岸开展了“关爱跨境学童助通关”蓝马甲志愿者服务活动。
“温暖国门，天天为你”
2018年8月19日，深圳边检总站按照中国国家移民管理局统一部署，在福田口岸展中国边检服务品牌集中推介宣传活动，以“温暖国门，天天为你”为主题，在各口岸设立“中国边检.阳光国门”咨询台，发放印有“国门名片.边检风采”的中国邮政明信片等纪念品，宣传出入境法律法规和新时代边检机关便民举措，集中展示中国风范、中国形象，擦亮“国门名片”。
福田口岸是香港回归后，中国中央政府为改善大陆于香港特别行政区的通过现状，提高通关效率的一项民心工程；该口岸建设通关后，对深入落实CEPA协议，加快推进泛珠江三角区域经济合作，促进深港繁荣稳定具有重要的社会综合意义。
福田口岸
