核酸链间腺嘌呤和尿嘧啶(RNA)或胸腺嘧啶(DNA)以及鸟嘌呤和胞嘧啶的专一氢链结合。分子杂交技术就是根据碱基配对的原理设计的。碱基配对后形成碱基对(basepair,bp),常用作DNA分子的量度,如人类的线粒体DNA为16569bp。配对的碱基互称互补碱基(complementary base),若一条核酸链的碱基序列与另一条核酸链的碱基序列反平行配对,则二者互称互补链(complementary strand),如与RNA互补的DNA称互补DNA(cDNA)。
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