自幼读书，17岁时即进入县学，曾在济南任家庭教师。光绪二十七年（1901年）考取举人，次年应会试。光绪二十九年应殿试，中状元，入翰林院，授修撰。[4]
1905年(光绪三十一年)，他随载泽、端方五大臣被派赴日本考察政治、实业、教育等，回国后写了《考察录》一书。1910年(宣统二年)，出任湖北省提学使，曾创办“两湖优级师范学堂”，为两湖培养了一批教育人才。他在兼署藩篆期间，创立预算制度，并制定学款独立章程，使办学经费专款专用，为全国之首创。辛亥革命后，他回到北京。
他工书法，时人以得其片纸只字为荣。当年“山东大学”的校牌即是其所书。在家乡留有不少墨迹以楹联、匾额、题扇居多。曾为西南关五道堂“仙师庙”题名并书“仁术博施能济众，虔诚祈祷自蒙庥”。今潍坊市博物馆存一刻石，即清末进士陈恒庆为曹鸿勋临《九成宫醴泉铭》作跋文，由王寿彭所书。他的著作除《考察录》外，还有《靖盦诗文稿》。
宣统二年（1910年）出任湖北提学使，着手创办“两湖师范学堂”，提倡代用小学制，首创预算制度，使得办学经费专款专用。民国初年在济南任山东都督府和巡按使署秘书、教育司长等职。后到北京任总统府秘书多年。1925年回到济南，任山东省教育厅厅长，以提倡经学为己任。
1926年山东省代理省长林宪祖下令筹办山东大学，命王寿彭兼代校长。7月，设立于济南的山东省立农业、工业、矿业、商业、医学、法学6个专门学校合并改建为省立山东大学，设有13个系（当时称分科）。8月，王寿彭主持拟定山东大学规程，明确规定了办学宗旨和培养目的。学校教师阵容齐整，人才汇集，且多学有专长。1927年夏，因时局动荡，形势复杂，王寿彭受到内外强烈责难，终于解职而去。
