1956年，河西森林经管所始建。
1963年1月，河西与文峪两森林经营所合并为河南河西实验林场，直属国家林业部。
1966年，下放到省，同年又下放到洛阳地区。
1960年，下放到灵宝县。
1975年，洛阳地区收回直属。
1984年，再次下放到灵宝县，名称为国营灵宝河西林场，为事业单位。
1988年，场内设办公室、生产科、财务科、派出所四个职能科室，下辖大湖林区、枣香林区、泉家峪林区、文峪林区四个林区，建有宋峪园艺场、三门峡城建苗圃。
1992年，三门峡市人民政府收归市属，名称为国有三门峡河西林场。
1982年，河南省批准建立小秦岭省级自然保护区。
2006年，晋升为河南小秦岭国家级自然保护区。
2010年，保护区管理局成立，正处级建制。
位置境域小秦岭自然保护区位于豫、陕两省交界的灵宝市西部，秦岭北麓；东接崤山丘陵，西连秦岭主脉，南倚莽莽群山，北濒涛涛黄河；位于北纬34度23分至34度31分，东经110度23分至110度44分；南北宽12千米，东西长31千米，总面积151.6平方千米。
小秦岭国家级自然保护区东西长31公里，南北宽12公里，最窄处仅1公里，总面积15160公顷，其中核心区面积5147公顷，缓冲区面积2561公顷，实验区面积7452公顷，呈不规则带状，东以荆山峪东山梁为界；南以小秦岭分水岭为界，向西经莲花洞、娘娘山主峰、阎王沟垴与朱阳镇集体林区相邻，再往西经风门与陕西省洛南县接壤；西以大西峪主沟流水线为界，与陕西省潼关县为邻；北界与集体林区相连，自西向东，从上里木沟南梁折向东北至文峪九乃沟垴，沿九乃沟流水线向北至文峪主沟，向东经东子湖、菩萨底、火石崖、鹞子山折向东南至空蝌蚪沟北梁，向东经大南沟北梁至灵湖西梁，折向北至灵湖水库，向东至荆山峪口。
气候特征小秦岭自然保护区地处中结度内陆地区，属暖温带大陆性季风气候。一年四季，冬季受西风环流影响，寒冷少雨雪；夏季受西太平洋副热带高压控制，温热多降水；春秋季处于环流交替阶段，温度、降水均居中。冬季和秋末、春初受热带高压季凤天气影响，以西北风为主；夏季和春末、秋初受热带高压季风天气影响，以东南风为主。冬季最冷，夏季最热；冬季降水最少，复季降水最多；冬季日照时数最短，夏季日照时数最长。同时，小秦岭自然保护区通离海洋，境内多丘陵山地，致使全境气候差算大，但总的特征是：四季分明，春秋短、冬夏长；春季干操多大凤，秋季炎热多雨水，秋季温和湿滴，冬季雨雪少且冷；光热和水量集中，季节分配不均匀，早象出现频率高，对农业生产影响较大。
地形地貌小秦岭地形复杂，地势陡峻，一般坡度为30-500。老鸦岔海拔2413.8米，为河南省最高岭。境内超过2000米的高峰有19座，相对高度达1202米。土壤主要为山地棕壤，山坡下部有一部分褐土，山顶为高山草甸土或为裸露的岩甘。
保护区在大地构造位置上处于华北地台南缘，属华北地台南部边缘豫西断隆的组成部分，南邻秦岭地槽褶皱系。其发生发展主要受华北地台基地的控制，并受秦岭古海槽和中生代滨太平洋构造活动的强烈影响。
水文该区属于黄河水系。黄河由陕西省潼关县境流来，沿灵宝市北边缘东流，保护区的河流均流入黄河。发源于小秦岭的河流主要有沙河、阳平河、枣香河、十二里河和双桥河。
土壤保护区地层属太古界太华群，岩石为岩浆岩类，如石墨石云变粒岩、石英片岩花岗岩、磷质石、石英石等。土壤为薄层酸性岩褐土、薄层酸性岩粗骨棕壤，PH值为6.2－7.0，表层为腐殖层，土壤养分含量较高，质地轻，土层厚度不一。保护区海拔780～1100米分布着淋溶褐土和褐土性土，1100米以上分布着棕壤与棕壤性土，老鸦岔垴分布有小面积的山地草甸土。
综述小秦岭国家级自然保护区主要保护对象是森林生态系统多样性、生物物种多样性、保护区内各种动植物物种及其生存环境。
植物小秦岭国家级自然保护区
主要植被类型为落叶阔叶林。保护区有维管束植物137科708解1958种。占全省植物总种数的56%，其中蕨类植物20科51属132种、裸子植物有5科10属18种、被子植物112科647属1808种。保护区分布有中国种子植物特有种1029种，占该区所有植物的49%，模式标本产于本地的有灵宝杜鹃、灵宝翠雀、河南猕猴桃、河南海棠、河南卷瓣兰、河南石斛等。另有许多植物是以本区为南界或北界，也具有极高的科研价值。
小秦岭国家级自然保护区分布有国家级重点保护植物13种。其中国家一级保护植物2种：红豆杉、银杏；二级保护植物11种，常见的如水曲柳、香果树、野大豆、天麻等。
动物保护区陆栖脊椎动物200种左右。经济动物有野猪、狼、狐、青勋、猪猩、豹独、野猪等100多种。
该区有国家级保护动物27种，隶属于6目11科，其中国家一级有豹、林麝、金雕、黑鹳4种；国家二级有金猫、豺、黄喉貂、水獭等23种，占全国保护动物的8.16%，在物种分布上占有重要的位置。
1985年，正式成立了小秦岭国家级自然保护区管理处，下设三个管理站，一个林业派出所。
小秦岭国家级自然保护区为了加强自然保护区的保护和合理经营。灵宝县人民政府1987年颁布了《关于加强小秦岭自然保护区管理的若干规定》。灵宝县林业局公布了《关于落实小秦岭同营林业森林保护的若干规定》10点实施办法和工作方案。有效地制止了区内滥挖、滥采、乱猎等破坏活动。
开发利用小秦岭国家级自然保护区
2005年，《河南小秦岭自然保护区生物多样性本底研究》成果通过河南省有关专家鉴定。该项成果由灵宝河西林场、河南农业大学等单位联合完成，是对该自然保护区的生物多样性的一次系统研究，并首次发现了65种河南植物新记录种。2014年，河南省小秦岭国家级自然保护区管理局结合保护区二期基础设施建设项目和极小濒危物种保护项目，再次加强对该区分布的国家二级珍稀濒危植物秦岭冷杉的研究保护工作。6月，管理局联合河南农大教授和研究生对老鸦岔脑分布的195株秦岭冷杉开展了专项调查，详细调查了秦岭冷杉的生境因子、伴生树种，并对每个植株拍照、编号、GPS定位，详细调查其胸径、树高、冠幅、生长量、结实等因子，建立植株档案。8月，该局再次邀请河南农大、厦门大学、中科院华南植物所、郑州大学等院校植物专家重点调查了秦岭冷杉、灵宝杜鹃等生长分布情况，并提出了相关研究保护意见。11月初，该局结合有关工程项目，针对秦岭冷杉再次进行了病虫害防治、整修树盘、改良土壤、增施有机肥、设置防护围栏等措施。
生态价值小秦岭是秦岭东延部分，垂直带谱完整，是难得的尚未完全败坏的生物资源的汇集和过渡地带。小秦岭山高坡陡，冲刷强烈，属于生态环境脆弱地带。小秦岭对维护河南西部自然生态环境、水源涵养、灌溉豫西农田起着十分重要的作用。
