模体

模体(motif)表示具有特定功能的或作为一个独立结构域一部分的相邻的二级结构的聚合体，它一般被称为功能模体（functional motif）或结构模体（structural motif），相当于超二级结构（super-secondary structure）。模体和结构域一起组成了蛋白质的三级结构。结构模体作为结构域的组分，介于蛋白质二级结构和三级结构之间，由相邻的二级结构单元彼此相互作用，组合在一起，排列成规则的，在空间结构能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件，其基本形式有αα、βαβ和βββ等。多数情况下，只有非极性残基侧链参与这些相互作用，而亲水侧链多在分子的外表面。

（1）左手超螺旋——3根右手α-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；

（2）右手超螺旋——3根左手螺旋拧到一起形成一个右手超螺旋，如胶原蛋白；

（3）卷曲螺旋——相邻的2根右手α-螺旋拧到一起形成一个左手超螺旋；

（4）螺旋束——多个α-螺旋的聚合体；

（5）β-折叠-α-螺旋β-折叠，即βαβ；

（6）β-发夹环——两个反平行β-股由一个环相连；

（7）α-螺旋-β-转角-α-螺旋，即αβα；

（8）α-螺旋-环-α-螺旋(EF手相）；

（9）Rossmann卷曲——也称Rossmann折叠，它由两个βαβ连在一起，形成βαβαβ结构，通常能结合辅酶I；

（10）希腊钥匙模体——是一种全β折叠聚合体，存在于许多不同类型的蛋白质中，因在拓扑学上像古代花瓶上的希腊钥匙而得名，清蛋白原就含有这种模体。

模体是刻画蛋白质家族组成结构和执行功能的重要部分，但是对于通过各种生物信息学方法识别出的模体，暂时没有很好的办法辨别真假和优劣。提出一种新的模体评价策略，从分类器的观点出发，对不同方法在同一个蛋白质家族上建立的不同模体进行比较，从而推断出最具有生物意义的模体。在PROSITE数据库中选取7个细胞因子家族，采用MEME和HMMER两种模体识别方法分别识别每个家族的模体，将每个模体看作一个分类器，通过计算同一家族的每个模体的敏感性和特异性并比较它们对应的接收机操作特性曲线，进而比较不同模体，确定真的模体和排除假的模体，从而获得每个蛋白质家族的最佳模体的模型。这种策略可以应用于对任意蛋白质家族模体识别结果的评价。此外，还可以利用最佳模体搜索数据库的结果预测每个家族的新成员。