1898年10月，义和拳首领赵三多、阎书勤在冠县（今邢台市威县）发动起义，提出‘扶清灭洋’口号，揭开了义和团运动的序幕。
义和团原名义和拳，其本身是梅花拳的一支，起源于明末清初，活跃在山东、直隶、江苏大运河两岸一带，后来形成以农民为主的受压迫民众抗暴自卫的民间秘密组织。鸦片战争后，义和拳即自发地投入反洋教斗争。自甲午中日战争开始，在帝国主义加紧侵华过程中，山东民众深受其害，散布在山东各地的义和拳，便自然地成为广大民众反帝斗争的组织者和领导核心。
民族危机空前严重，中外矛盾激化。外国教会依仗不平等条约所赋予的侵略特权，或勾结地方官员，或胁迫地方官府，横行不法，欺压乡里。清朝地方官员又袒护教会。这在山东又表现得尤为突出。山东除有英、日、德三国在这里激烈争夺外，洋教势力也遍布山东，有教堂1000多处，恣意横行，民怨沸腾。这里首先发生大规模的斗争运动势在必行。
中日甲午海战后，列强掀起瓜分中国的狂潮。随着民族危机的加深，中国人民反抗帝国主义侵略的斗争日益高涨。由民间组织义和团发动的反帝爱国运动，打着“扶清灭洋”的旗号，到1900年春夏间在京津地区形成高潮。
面对帝国主义对中国的侵略，“灭洋”成为中国人民的共同要求。这一口号的提出反映了当时中华民族与帝国主义之间的矛盾已成为中国社会的主要矛盾。因此这个口号具有爱国性质和进步意义，但有一定盲目性。“扶清”的含义还需从义和团的文告中加以分析、认认。《义和团告白》中说：“保护中原，驱逐洋寇”、《马兰村坎字团告示》中说：“扶清灭洋，替天行道，出力于国家而安于社稷，佑民于农夫而护村访”可见，“扶清”的主要含义是扶保中国。‘’灭洋‘’指抵抗乃至消灭列强。在当时的社会条件下，“扶清”成为“灭洋”的斗争策略。这在客观上确实减少了义和团运动发展的阻力，易于为人们所接受。但是也同时应看到“扶清”无论在主观上还是在客观上又会使人们丧失对清朝封建统治集团的警觉，尤其是随着义和团运动的大发展，人员成分复杂，清政府对义和团的政策由“剿灭”改为“招扶”时，义和团逐渐落入被利用、被控制的圈套，以至于被中外反动势力联合绞杀。这也正是“扶清”的必然结局。作为政治性口号，既要有号召力，更要有正确的导向。“灭洋”在当时民族矛盾十分尖锐的形势下，起到了广泛动员民众参加的作用。但由于“灭洋”是基于感性认识的口号，而不是基于理性认识的经过科学论证的口号，因而带有笼统的排外性质。
1898年10月，直隶威县赵三多等人在冠县蒋家庄（今河北省邢台市威县）竖起“助清灭洋”旗帜，拉开了义和团运动的序幕，后各地义和团先后打出不同旗帜，但意义大体一致，1899年年底，山东义和团首先打出“扶清灭洋”大旗逐渐被各地义和团广泛采用，但这一旗帜究竟是谁首先提出至今不可考。
1898年6月，四川大足余栋臣提出“顺清灭洋”旗号，紧接着，湖北覃培章竖起“保清灭洋”大旗。 1898年10月赵三多、阎书勤等在山东冠县蒋家庄（今属河北威县）竖起“扶清灭洋”大旗。
1899年5月27日，保定义和团攻克涿州城，在四门插上“兴清灭洋”旗帜。
1899年年底，山东义和团首先打出“扶清灭洋”大旗，然而具体提出人不可考，之后各地义和团广泛采用这一旗号。
1900年6、7月间，凤翔在瑷珲高举“救清灭洋”大旗抗击俄军。
1900年秋，祁子刚打出“反清灭洋”旗帜转战于冀中一带。
1902年4月23日，景廷宾在河北巨鹿竖起“扫清灭洋”大旗。
