妖精战争·放逐
异常体战争末期，异常体猎人在殖民地坠落事件时尽管顺利地破坏了欧亚大陆，将伤亡减到最低，但欧亚大陆碎片的坠落仍然使得西格玛病毒大规模地扩散。在梦魇事件当中，政府偶然注意到了杰洛所参与的任务与後续的梦魇现象的发生有著密切的关联，因而发现了杰洛是西格玛病毒带原者，并且决定要将杰洛封印起来，试图在彻底清除杰洛体内的西格玛病毒的同时保留杰洛现有的人格。随后杰洛在在政府的指示下被封印在当时最顶尖的思考型机器人研究机构附近特别建造的封印设施当中，研究所中的学者们也开始详细地研究西格玛病毒。
为了找出西格玛病毒出现的原因，学者们选择将杰洛的思考程式和身体分离开来进行研究，希望能够找到消灭西格玛病毒的方式。但是，研究所中最优秀的两名研究员对於解决西格玛病毒问题的方式有著截然不同的想法。其中一位女性研究员著眼於杰洛的思考程式，试图要找到一种能够消灭西格玛病毒的抗体程式，以及将这个程式送到被感染的思考型机器人体内的手段；而另外一位研究员拜鲁博士则专注于研究杰洛的身体，相信只有将所有的思考型机器人都消灭，重新设计出能够完全被人类掌控的新型机器人技术才是解决之道。最后这位女性研究员最後先拜鲁一步完成了研究的成果，开发出了西格玛病毒的抗体程式以及能够将抗体程式送进思考型机器人体内的程式生命体母亲妖精。
在母亲妖精被投入战争之后异常体的数量快速地大幅减少。然而，遍及全球的战火并没有因此而停歇的，反而由于从母亲妖精的技术基础上开发出来的电子妖精大量地投入战场的关系而有着泥沼化的迹象。因此一部份的学者提出了利用母亲妖精的力量改变所有的思考型机器人的程式，以让人类完全控制思考型机器人的「希望计划」。但是否要实行希望计划、将母亲妖精的能力进一步拿来控制所有思考型机器人的问题，则造成了共存派与支配派两大派系的对立。
妖精战争
在共存派与支配派对立的期间，始终主张要消灭掉所有的思考型机器人以终结战争的拜鲁博士看上了杰洛不会受到西格玛病毒感染的性质，将杰洛的意识移到了复制的身体当中，再将杰洛原本的身体改造成了终极破坏兵器奥米加。并且将母亲妖精改造成能够自由改造思考型机器人的黑暗妖精，并将黑暗妖精和奥米加投入了战争，希望能够早期结束战争，希望能够藉由让思考型机器人们自相残杀而终结战争并证实自己的理论。然而，这场妖精战争最後在四年中造成了60%的人类和90%的思考型机器人的死亡。在妖精战争的最後一年，杰洛的战友异常体猎人艾克斯找到了被封印的杰洛，并且与使用着复制身体的杰洛合力打倒了奥米加，最终结束了长达四年的妖精战争。
在战争结束之后，艾克斯以自己在战争中所建立的人类庇护机构作为基础而建立了以人类的理想国为目标的新政府NEO.阿尔卡迪亚，并且与杰洛合力捕获了黑暗妖精。而杰洛则再一次接受封印，以进行清除病毒的计划。NEO·阿尔卡迪亚最後判决拜鲁博士需要对妖精战争负责，因此将他的头脑改变成电子头脑、再将年老身体装进了能够自动修复损害的装甲当中而成为了不死的状态，并以这个状态被流放到宇宙当中。为了预防再一次发生战争，NEO·阿尔卡迪亚最终决定让奥米加与拜鲁一同被流放到宇宙中。
而艾克斯作为NEO·阿尔卡迪亚的象徵及政治领袖持续统治了NEO·阿尔卡迪亚一段时间，受到了人们的景仰和敬爱。但是由於担心黑暗妖精再一次被人利用而造成战争，艾克斯在确认了自己的身体拥有完善的抵抗病毒的效能之後，决定以自己的身体将黑暗妖精永久封印起来，但在封印时的冲击使得艾克斯本人的意识最终分裂成了五个电子妖精。其中唯一一个保留着原本人格的便成为了后来的电子精灵·X，而另外4个电子精灵则被安置在以艾克斯原始零件和DNA程式制造的特殊思考型机器人体内。失去了领导者的NEO·阿尔卡迪亚随後制作出复制X作为艾克斯的替代品，但是电子妖精·X拒绝被安装到这个身体当中，并且自此从NEO·阿尔卡迪亚消失，而性格与原本艾克斯大不相同的复制X则继任为NEO·阿尔卡迪亚的统治者。
为了要掩盖妖精战争是由人类所发起而不是异常体所造成的事实，NEO·阿尔卡迪亚刻意地从历史中抹消掉了相关的记录，也因此让拜鲁再一次回到地球时因为不再有人记得他而能够顺利完成夺权的计划。
归来·宿命之战
由于反对派司令官艾尔皮斯在黑暗妖精复制体幼儿妖精的影响下失去控制，最终艾尔皮斯侵入了NEO·阿尔卡迪亚禁地，并且在圣域「世界树」的顶端破坏了艾克斯的身体，最终解放了被封印的黑暗妖精。
归来
在黑暗妖精复苏之后，在宇宙中承受长达百年孤独与痛苦的拜鲁博士决定要回到地球向人类与思考型机器人复仇。随后拜鲁博士复活并改造了被杰洛打倒的复制X，并且在改变其思考模式的同时在其体内设置了自毁程式。在复活了被杰洛打倒的复制X之后，拜鲁博士带着奥米加回到了地球，并且利用复制X加入到了NEO·阿尔卡迪亚的统治集团当中。
随后拜鲁博士利用复制X驱逐了阻碍他行动的赫尔琵亚（Harpuia）等人，并且在复制X的同意下，将装载着奥米加的导弹发射到了黑暗妖精出现的人类居住区，最终不惜造成巨大伤亡使奥米加吸收了黑暗妖精。随后拜鲁博士为了夺取统治者的地位，以雪儿博士（CIEL）在反对派开发出的新能源「雪儿系统」为理由，籍此诱发了反抗军和NEO·阿尔卡迪亚的全面冲突，最终引诱反对派再一次的打败了复制X。在复制X触发自毁程式自爆之后，拜鲁博士随即对外声称复制X已经被反对派打倒，同时藉由法令夺取了NEO·阿尔卡迪亚统治者的地位，并且以镇压恐怖份子的名义从议会得到了实权，在一夜之间成为了支配NEO·阿尔卡迪亚的独裁者。
真身
在成为了NEO·阿尔卡迪亚的领导人之後，拜鲁开始了血腥的独裁统治，将所有反对自己的人类或思考型机器人都宣判为异常体并加以处刑。为了达成自己的野心，拜鲁博士使用黑暗妖精与奥米加的力量控制了全世界的思考型机器人，并且使生活在NEO·阿尔卡迪亚生活的人类陷入了水深火热的痛苦之中。同时，从海洋情报都市的图书馆中获得妖精战争信息的杰洛在电子妖精·X的帮助下来到了拜鲁博士过去所属的研究机构，并且在研究设施的最深处与奥米加进行了最终决战。在接连打败奥米加两次之后，杰洛在研究设施崩溃后坠落到了地下，来到了雪儿最初唤醒自己的地方。而出现在杰洛眼前的是从巨大残骸中现身的奥米加的本体，杰洛真正的身体...
面对着遗失了大部分记忆的杰洛，拜鲁博士终于道出杰洛现在的身体不过是复制品，而奥米加才是真正的杰洛这一事实。面对着拜鲁博士的说法，杰洛并没有惊慌，反而质问真正的杰洛为何会服从于拜鲁博士。拜鲁博士则表示奥米加原本就是一个破坏神，而他不过是解放了奥米加的力量。紧接着拜鲁博士一边嘲笑着现在的杰洛不过是个自以为是英雄的复制品，一边命令奥米加对他发起了攻击。
但尽管奥米加拥有着杰洛的真身，杰洛仍旧拼上全力打倒了只有身体却没有「心」的奥米加。正当杰洛冲上前去，试图给予奥米加最后一击时，黑暗妖精忽然从奥米加体内分离并且阻止了杰洛的攻击。紧接着黑暗妖精就开始治愈奥米加的伤势，而筋疲力竭的杰洛却只能在一旁看着奥米加逐渐复原。就在这时，赫尔琵亚，法布尼尔与蕾薇雅丹及时赶到现场，并且合力再度重创了奥米加，而黑暗妖精也因为连续的战斗而逐渐挣脱拜鲁博士的控制。紧接着电子妖精·X赶到现场，并且告诉了杰洛所有的真相：的确，奥米加是你真正的身体没错，但是，也不过这样而已…虽然你的身体是复制的…但是你的心…却是无庸置疑的真心…来吧，趁黑暗妖精的力量减弱之时…来定出百年前同样的胜负吧…杰洛！
最终，下定决心的杰洛最终做出了决定，手持Z剑奔向了奥米加，结束了拜鲁施在黑暗妖精体内的困咒与自己一直背负的宿命...
奥米加·破坏兵器
从毁坏的宇宙船中出现的谜之巨型机器人，眼中闪烁着凶恶的光芒，拥有强大的力量，似乎在呼唤着杰洛。（基本形态）
由拜鲁博士制作的终极破坏兵器思考型机器人，经由吸收黑暗妖精后更是增强了力量。虽然这个形态的能力并没有完全得到解放，但已经能够轻易击败四天王。（金色形态）
元素：无
攻击方式：（攻击身体才造成伤害。金色形态攻击速度会提升）
①奥米加激光 依次发射三发斜向弹道的雷射光束，光束在接触地面后会根据发射角度进行反弹
②乔托之轮 双臂脱离身体后飞出，然后不断移动到固定位置分别发射能量环
③破坏之剑 拔出背后的光束剑移动到敌人上方进行三次下刺，最后一击朝两侧溅出瓦砾（金色形态使用。光束剑会抵挡攻击，瓦砾可以打掉）
奥米加·黑暗妖精
充分融合黑暗妖精力量之后更进一步进化的奥米加。除了拥有压倒性的庞大身躯以外，更利用过去与杰洛与艾克斯战斗的记忆数据具现化了二人这能力。
元素：无
攻击方式：（打中间的头才减血，右手的剑是摆设并不会在战斗中使用）
①超越飞弹 左臂开始集气，然后连射三发巨型能源弹
②咒缚球 本体的犄角产生捕捉弹追击敌人，若接触到目标则先将其困入其中在移到犄角上方不断造成伤害（连打可以挣脱。若一直没捕获到目标则会自动离开，捕捉弹自身并没有攻击力）
③星火猎人 本体头部的水晶闪烁，然后从中放出有特殊追踪力的球团，球团下降的同时会根据敌人所在方向改变前进线路（能抵挡射击攻击）
④三重激光 三个头部的水晶一同闪烁，然后依次从眼睛分别放出光线攻击固定位置（但是光线只有打到地面的部分才有攻击力）
⑤新超越飞弹 举起左臂进行集气，然后向前放出镭射光束攻击。紧接着左臂会向下移动改变弹道高度（此时无敌）
奥米加·ZERO
被NEO·阿尔卡迪亚放逐至宇宙、造就了妖精战争的终极破坏兵器思考型机器人奥米加的真面目。从压倒性巨大身躯残骸中现身的是，遭到拜鲁博士改造而成为究极破坏化身的杰洛其真正身体。其周身散发着洁白的力场、其眼中寄宿着疯狂的光芒、解放了所有束缚，单凭思考就能操纵所有思考型机器人的他已经成为了拜鲁博士所谓的「真正的破坏之神」。
元素：无
攻击方式：
①三段斩 使用光束剑进行三段斩击，无视无敌时间（困难模式满血的情况下全部接下的话会只剩1格HP）
②天裂刃 冲刺后一边跳起一边使用光剑向前上方斩击，无视无敌时间
③集气剑 快速集气，然后使用光束剑进行蓄力斩攻击。同时引发强烈的震动使画面上方坠下三块落石。剑斩无视无敌时间（困难模式两下秒杀）
④弧锋刃 二段跳跃后在空中使出空圆斩，同时往七个不同的方向发射刀波
⑤灭闪光 拳击地面，同时往五个不同的方向发射出能源弹
⑥霸天灵光 拳击地面，同时召出六道光束环绕自身。籍此防御的同时还会回复体力（发动时无敌。困难模式恢复量增多。ZERO3中没有回复效果）
⑦零式乱舞 快速集气，然后使用集气全满的飞弹射击进行二连发的射击之後再使用光束剑砍出刀波的三段连续攻击。剑斩无视无敌时间（ZERO3中第一发为一阶段集气射击）
EX-Ω乱舞?终焉幻想 突然向前低空跳跃前进，接触到敌人后将其束缚并使用光束剑连续执行无视无敌时间的七段斩击（困难模式不连续使用恢复手段就等同于秒杀。ZERO3中会在半血后开始使用）
ZX中的omega人设
模块O（モデルO/ Model O ）
（配音演员：诹访部顺一）
Omega Zero、骄傲和霸气的化身。身处在遗迹的深处，等待对手的到来。
OX型（モデルOX/ Model OX ）
起源不明。它被认为是在ModelV同一时间诞生。推断是来自拜鲁博士记忆中Omega的数据和Omega本身的灵魂共鸣后形成了接近生命金属的产物，诞生的原因大概是因为Omega的“灵魂”太过靠近ModelV的本体所在地，神之黄昏的坠落点，拥有各种攻击属性。外型酷似洛克人Z系列时代的Omega Zero；装备与模块ZX一样，但能力远在ZX之上，各种攻击都有着Z系列时代Omega Zero的影子（但它似乎也稍微影响啦二人的性格，这在官方图片中显示出来，梵似乎是狂笑或尖叫的狂暴状态，稍微类似于普罗米修斯，而艾儿则似乎是像潘多拉一般的冰冷且寡言）。
拥有各种攻击属性，身体技能及特别技能与ZX基本相同（自带防滑鞋，水中行动不受阻）
无限O.I.S. ：
使自身能力变得如同Omega一般（发动后攻击时无法走动，冲刺跳无影响）枪：
储气弹连射（开启O.I.S后黄豆弹全部变成一段蓄力弹），双重大储气弹（第二发无视Boss受击无敌）、大地粉碎拳（按下攻击并打出4块岩石往周围掉落）、灭闪光（一段蓄力并按下攻击发出9个小型储气弹往周围扩散攻击）、裂光霸（2段蓄力并按下攻击发出大范围上下交错的光柱攻击，无视Boss受伤无敌）。剑：
三连斩（无视无敌时间）、蓄力斩（O.I.S发动后不可）、弧锋光（跳起攻击直接回旋斩并砍出8方向冰属性小剑气波）、龙炎斩（按上攻击向上方发出火属性斩击）、真空刃（按下攻击并切出一个无限距离的电属性剑气）。※Omega的意识是Zero未忘记指令“打败洛克人并毁灭世界”时的意识，曾被拜鲁说这才是真正的Zero（指心里只想毁灭一切的Zero，也就是X5里的觉醒Zero）。
PS.实质上意思就是Omega拥有zero的原本的真正身体，而玩家操纵的copy zero则是拥有真正想要守护世界的心的zero。
自身特性：
三连斩 连续使用剑攻击时会使出无视无敌时间，最多三段的连续斩击。
空圆斩 于空中按住上使用剑攻击或者与空中连续使用剑攻击时发动，使出拥有更大的攻击范围和命中次数的回旋斩击。
无阻力 在水中行动时不会受到阻力影响。
防滑鞋 在冰面行动时不会打滑。
特殊能力
：无蓄力攻击：
高超集气飞弹 飞弹射击进行集气后发射强力的能源弹（开启超限模式时一阶段集气就能使出）。
集气剑 剑进行完全集气后使出强力的光剑斩击（开启超限模式时不可使用）。
超限攻击：
无限集气射击 开启超限模式的情况下飞弹射击能够直接发射一阶段集气弹。
双重高超集气飞弹 开启超限模式的情况下进行集气，然后在能源充填全满时能进行二连发的集气射击，给予敌人约略等於两倍威力的伤害。
大地粉碎拳 开启超限模式的情况下按住下使用飞弹射击攻击，射击攻击会变成拳击地面并朝周围飞出瓦砾抛物线攻击。
灭闪光 开启超限模式的情况下按住下使用一阶段集气的飞弹射击攻击，射击攻击会变成拳击地面并同时往九个不同的方向发射出能源弹。
裂光霸 开启超限模式的情况下按住下使用二阶段集气的飞弹射击攻击，射击攻击会变成拳击地面并召唤出共十一道垂直光束而能够攻击所有位在附近的敌人。敌人体积越大受到连续攻击的次数就越多。
弧锋刃 开启超限模式的情况下于空中使用剑攻击时发动，使出空圆斩的同时往八个不同的方向发射冰元素的音爆。
龙炎刃 开启超限模式的情况下于地面按住上使用剑攻击时发动，一边跳起一边使用剑发出向上的火元素斩击。
真空刃 开启超限模式的情况下于地面按住下使用剑攻击时发动，挥剑并放出一道电元素的剑气攻击。
