庆历年间(1041-1048)，遭火被毁，嘉佑初年重修，元代至元年(1271-1294)，又遭火毁，明代洪武二年(1369)，道士陈道安重建，万历(1573-1620)，复毁于火，不久再建，时筑三清、玉皇、雷尊、七元、真武、三官六殿宇，后又复增太乙、生长两殿及魁星、玄都、涵碧、吟仙等数座楼阁，清康熙三十二年(1693)，邹性善等人集资缮修玉皇殿，蔡贞女建左侧诸天殿，乾隆九年(1744)，邑人邹文锦建右侧诸天殿，咸丰十年(1860)，宫宇全毁，同治十三年(1874)，重建三清、灵官、火神、祖师等六殿，光绪二年(1874)，道士秦瑞芳集资重建玉皇殿，1984年无锡市园林局按原样对其宫三清殿进行修复，1986年8月13日公布为无锡市文物保护单位。
洞虚宫最初名青元宫，创建于536年（梁大同二年），位于东乡胶山，后荒废；约在1010年（宋大中祥符三年）重建于城中心崇安寺左侧，更名洞虚宫。在北宋庆历年间（1041-1048）、元代至元年间（1271-1294）和明万历年间（1573-1620），曾经三度毁于火灾，又在宋嘉佑初年、1369年（明代洪武二年）和万历年间三度重建。这时洞虚宫拥有三清、玉皇、雷尊、七元、真武、三官六殿，后又复增太乙、长生两殿及魁星、玄都、涵碧、吟仙等数座楼阁；1693年（清康熙三十二年），蔡贞女建左侧诸天殿；1744年（乾隆九年），邹文锦建右侧诸天殿。以及魁星楼、玄都第一楼、三友斋、听鹤山房、白云深处、白湖山楼等建筑。
1860年（清咸丰十年），李秀成率太平军东征，洞虚宫全宫被毁。1874年（同治十三年），重建三清、灵宫、火神、雷尊（即阿炳故居）、长生和祖师六殿。1876年（光绪二年），道士秦瑞芳重建玉皇殿。
1949年以后，洞虚宫曾辟作“少年之家”。1984年，洞虚宫纳入城中公园范围，无锡市园林局按原样进行了修复。1986年，玉皇殿及古井被列为无锡市文物保护单位。
洞虚宫玉皇殿，位于无锡市公园路10号，其古井在人民路和图书馆路交会处。
