中华民国海军军官学校校旗
福州马尾海军学校桐梓海军学校
烟台海军学校
黄埔海军学校
青岛海军学校
电雷学校
抗日战争爆发前，中华民国从清朝底下继承多几所海军训练学校，但是因军阀割据的因素彼此各拥战舰各自为政，到南京政府统一时派系与省籍问题互相内斗的现象极为严重；不过抗战的爆发某种程度上成为国民政府整肃契机，过去所有派系因主战舰被日军消灭，沿海领土丧失，因此海军通通搬迁到四川，海军训练单位也只剩下由闽系把持的福州马尾海军学校。
同时，因租借法案的缘故国民政府在二战时便已得到美国首肯军援船舰，这些武装与接舰的人事裁定权成为重建中央重建海军的重要筹码，为此国民政府军委会以创设海军总司令部的方式直接规避过去闽系把持的海军部，并打算创立一所不属于任何省籍的海军训练学校。
1945年抗战胜利，同年冬季国民政府在青岛创设中央海军训练团，1946年2月25日，国民政府派杨元忠上校至上海高昌庙接收汪精卫政权建立的海军军官学校，同时招收第一届39年班的海军官校学生。蒋介石同时下令，将位于重庆的福州马尾海军学校并入海军官校。1947年，中央海军训练团并入海军官校。
1949年4月，因国共内战失败，政府决定将海军官校自上海南迁至厦门。9月，再度南迁至台湾左营。
海军官校校徽图案中嵌国徽一枚，象征坚定中心思想。双锚外护，最外层为黄色嘉禾拥绕，象征保卫海疆、卫护永久和平的使命。
1958年10月17日，海军官校采用四十八年班学生贾松坡设计的校旗至今。
桂永清 曲 萧而化 词
南强北强 共聚一堂 夜以继日 穷究典章
四载锻链 精习机航 为三民主义 为中华民族
忠贞热烈 奔赴海洋 海疆开拓 二郑皇皇
后起有责 光大发扬 青天白日 四海高飏
中华民国 万寿无疆
第一任：蒋中正先生
第二任：魏济民代将
第三任：郭发鳌代将
第四任：王恩华少将
第五任：曹仲周少将
第六任：宋长志中将
第七任：高如峰中将
第八任：张仁耀中将
第九任：池孟彬中将
第十任：白树绵中将
第十一任：郑本基中将--海军官校36年班
第十二任：罗锜中将--海军官校36年班
第十三任：陈连生中将--海军官校38年班
第十四任：欧阳位中将--海军官校39年班
第十五任：李恒彰中将--海军官校40年班
第十六任：顾崇廉中将--海军官校43年班
第十七任：孙维惠中将--海军官校45年班
第十八任：伍世文中将--海军官校44年班
第十九任：黎克恕中将--海军官校49年班
第二十任：胡才贵中将--海军官校54年班
第二十一任：李芳仑中将--海军官校52年班
第二十二任：高扬中将--海军官校55年班
第二十三任：金丰乡中将--海军官校56年班
第二十四任：黄正云中将--海军官校58年班
第二十五任：张志澄中将--海军官校61年班
第二十六任：申伯之中将--海军官校63年班
第二十七任：王长锐少将--海军官校68年班
第二十八任：陆经纬少将--海军官校65年班
第二十九任：王昭举少将--海军官校67年班
校长王昭举少将。海军官校正期67年班，海军指参学院80年班、战争学院88年班。历任一级舰舰长、战队长、舰队长、国防部作战及计划参谋次长室执行官、海军司令部督察长、舰队指挥部副指挥官等重要军职，2010年11月2日奉令调任海军官校第29任校长。
一般学科部电机工程系
应用科学系
海洋科学系
船舶机械系
资讯管理系
海军科技学程
舰艇应用化学学程
海军武器系统学程
舰艇机械动力系统学程
“国防”资讯管理学程
“国防”资讯工程学程
海洋声学与反潜学程
军事学科部战术组
轮机组
体育组
通识教育中心人文组
社会组
校长室：
少将校长，上校教育长，上校政战主任。教务处：
上校处长，副处长，教育训练参谋官，教育行政官，编装官，教材管理官，行政士官，校对员，一般补给士，图书管理员，统计员。学务处：
处长，政战作战官，心理辅导官，保防官，监察官，行政士官，行政员，文书员。总务处：
处长，副处长，作战官，营务官，电传打字通信官，补给官，燃气管轮机电气士，人事员，食勤员，人事官，土木工程官，行政官，行政士官，一般补给士，档案管理员，补给后补助理员。主计室：
主任，预财官，预财士，会计审计员。资讯图书中心：
主任，副主任，图管员，网络管理官，系统设计官，系统维护官。医务所：
主任，军医官，牙医官，医务士官长，补给上士。勤务队：
勤务队长，辅导长，士官督导长，排长，班长。学生总队：
上校总队长，副总队长，政战处长，中队长，辅导长，行政官，政治作战官，教育计划官，行政士官，人事员，预算财务士。军史馆：
中校馆长，史政官，一般补给士。
