野生红菇
蕈菌的最大特征是形成形状、大小、颜色各异的大型肉质子实体。典型的蕈菌，其子实体是由顶部的菌盖（包括表皮、菌肉和菌褶）、中部的菌柄（常有菌环和菌托）和基部的菌丝体三部分组成。
子实体是食用菌产生有性孢子的繁殖器官，也叫担子果（子囊菌则称子囊果）。典型伞菌的子实体，是由菌柄、菌盖、菌褶等部分组成的。
菌柄
又叫菇柄或菇脚。起支持菌盖和输送养分的作用。多为圆柱形或纺锤形。大多中生于菌盖上，也有偏生或侧生的，甚至完全无柄。组成菌柄的菌丝体基本上是垂直排列。菌柄皮层由厚壁细胞紧密靠拢组成。菌柄中有的菌丝排列充实（中实）；有的只是疏松的筋质细胞（中松）；有的则无菌丝（中空）。有些伞菌如双孢蘑菇，子实体幼小时，在菌盖边缘和菌柄间有一层包膜叫内菌幕，覆盖于子实层外。当子实体长大时，菌盖展开，内菌幕与菌盖脱离，残留在菌柄中上部的环状物叫菌环。有些伞菌如草菇在菌蕾时，外面包裹一层菌膜叫外菌幕，能随子实体长大而增厚，以后残留在菌柄基部呈状物叫菌托。菌托的有无以及大小、形状、厚薄等特性是伞菌分类的重要依据。
菌盖
又叫菇盖、菌伞。是菌褶着生的地方。不同的食用菌，菌盖的形状也各不相同。常见的有半球形、扇形、钟形、圆锥形、漏斗形和平展形等。菌盖表面有的光滑，有的有皱纹、条纹或龟裂；有的干燥，有的湿润或粘滑；有的具绒毛、鳞片或晶粒等。菌盖的直径大小不一，通常褶菌盖直径在6厘米以下的归为小型菌类；6—10厘米的为中型菌类；10厘米以上的为大型菌类。菌盖由角质层（亦称覆盖层）和菌肉两部分组成。角质层是由保护菌丝组成，依次可分外皮层、盖皮及下皮层。菌肉大多数为白色，由生殖菌丝和联结菌丝组成。生殖菌丝是构成菌肉的主要菌丝类型，它比联结菌丝宽而直，能不断生长，分隔多，分隔处明显缢缩。联结菌丝生长有限，分隔少，常大量或不规则地分枝。在红菇科中，生殖菌丝由球状胞组成，埋于管状联结菌丝的基质中，常失去再生能力，所以这些菇类用组织分离难以成活。有些伞菌除生殖菌丝和联结菌丝外，还有产乳菌丝（或称分泌菌丝），内含乳汁或油滴。
菌褶
又叫菇叶、菇鳃。位于菌盖下方。呈放射状排列的片状结构，是产生担孢子的场所。菌褶稀密、长短不等。与菌柄连接的方式有：直生（贴生）—菌褶的一端直接着生在菌柄上；延生—菌褶沿着菌柄向下着生；离生—菌褶不和菌柄接触；弯生—菌褶内端与菌柄着生处呈一凹陷。
药用菌木蹄
菌褶中央是菌髓细胞，两侧是子实层。子实层是产生担子的细胞层。除木耳、猴头菌等的子实层分布在耳片和肉刺的表面外，大多数食用菌的子实层都分布在刀片状菌相的两侧。担子菌的子实层是由无数呈栅状排列的担子和囊状体组成的。
1.担子：是担孢子的孕育者。担子有分隔和不分隔，不分隔的担子，一般呈棒状，顶端通常具四个小梗，各生一个孢子，有的只有两个小梗和两个饱子。未成熟的担子多无小梗，称为幼担子。但成熟菇体的子实层也有的出现幼担子，它不产生小梗和孢子。银耳类的担子具有纵隔，即纵隔为四个部分，顶端同样生四个孢子。而黑木耳类的担子具横隔，分四节，倾斜伸出四个小梗和生有四个孢子。这类产生在担子上的孢子称为担孢子（产生在子囊内的孢子称子囊孢子）。
2.囊状体：囊状体分布在子实层里，一般都比担子大，为不孕细胞。大多生在菌褶两侧，也有生在菌褶边缘，后者叫缘囊体。囊状体一般单生，而缘囊体有的则丛生。囊状体的形状有棒状、瓶状、梭形、纺锤形成梨形等。囊状体的顶端有钝圆、角状、尾状、圆头状、细长或具有结晶等。囊状体的形态在分类上也是重要的依据之一。
3.孢子：担孢子的形状有球形、卵形、椭圆形、圆柱形、肾形、多角形等。大多数食用菌的孢子表面光滑，但有的有沟、刺、麻点、小瘤及纵条纹。这些都是伞菌进行分类的重要依据。有些食用菌如草菇的担孢子，具有芽孔。单个孢子通常是透明无色的，但上万上亿个孢子成堆时（孢子印），则呈现有白色、红色、褐色、紫色、黑色等颜色。
菌丝体
蕈菌的菌丝体是由发育良好而有分隔的菌丝所组成，这些菌丝穿入营养物中并吸收营养。菌丝体通常为白色、鲜黄色或橙黄色，扩展生长成扇形。蕈菌的菌丝分化分为初生、二生和三生菌丝这三个明显的发育阶段。初生菌丝从单核的担孢子萌发而成，担孢子会在此期间分裂很多次导致核期较短的一些。
菌丝被分隔成单核细胞；二生菌丝来源于初生菌丝之间的互相结合，互相之间通过质配形成具有双核细胞的二级菌丝，通过锁状联合的方式在尖端形成啄状突起向下弯曲与母细胞融合，双核细胞不断分裂、不断延伸；三生菌丝体是由大量二级菌丝分化成多种菌丝束，表现为有组织化、特殊化；之后就是形成子实体，三级菌丝在适宜条件下，于交叉处形成细小纽结，进一步分化膨大即可形成子实体。
蕈菌
工厂化栽培
在蕈菌的发育过程中，其菌丝的分化可明显地分成5个阶段：
①形成一级菌丝：担孢子萌发，形成由许多单核细胞构成的菌丝，称一级菌丝；
②形成二级菌丝：不同性别的一级菌丝发生接合后，通过质配形成了由双核细胞构成的二级菌丝，它通过独特的“锁状联合”，即形成喙状突起而连合两个细胞的方式不断使双核细胞分裂，从而使菌丝尖端不断向前延伸；
③形成三级菌丝：到条件合适时，大量的二级菌丝分化为多种菌丝束，即为三级菌丝；
④形成子实体：菌丝束在适宜条件下会形成菌蕾，然后再分化、膨大成大型子实体；
⑤产生担孢子：子实体成熟后，双核菌丝的顶端膨大，细胞质变浓厚，在膨大的细胞内发生核配形成二倍体的核。二倍体的核经过减数分裂和有丝分裂，形成4个单倍体子核。这时顶端膨大细胞发育为担子，担子上部随即突出4个梗，每个单倍体子核进入一个小梗内，小梗顶端膨胀生成担孢子。
锁状联合的形成过程极为巧妙：当双核菌丝尖端细胞分裂时，在两个细胞核之间菌丝侧生一个钩状短枝，一个核进入短枝内，另一个核留在菌丝内。两个核同时进行一次有丝分裂，形成4个核。分裂后短枝中的一个子核退回到菌丝尖端。此时，钩状短枝向后弯曲生长接触到菌丝壁，形成拱桥形。菌丝中分裂后的两个核之一趋向前端，同时拱桥正下方两核之间产生一个横隔。短枝尖端与菌丝壁接触处细胞壁溶解，短枝中的一个核回到菌丝中生长尖端后面的一个细胞内，并生出另一个横隔将这个菌丝细胞与短枝隔开，最终在菌丝上就增加了一个双核细胞。
蕈菌
蕈菌最大的繁殖特点是产生有性担孢子，在子实体成熟后菌丝的顶端膨大，其中两个核融合成一个新核，完成一次核配，新核经过两次分裂，产生四个单倍体子核，最后在担子细胞的顶端形成四个担孢子。担孢子有多种类型，分成有隔担子和无隔担子两大类。
在山区森林中生长的木生菌种类和数量较多，如香菇、木耳、银耳、猴头、松口蘑、红菇和牛肝菌等。在田头、路边、草原和草堆上粪、草生菌，有草菇、口蘑等。南方生长较多的是高温结实性真菌；高山地区、北方寒冷地带生长较多的则是低温结实性真菌。
许多蕈菌的子实体是可食的，口味鲜美，含有丰富的蛋白质和氨基酸。
全世界已发现大约25万种真菌，其中有1万多种大型真菌，可食用的种类有2000多种(中国1500种)，已鉴定的食用菌已有981种，其中已经驯化92种，70多种已人工栽培成功，如常见的双孢蘑菇、木耳、香菇、灵芝等。
蘑菇属（Agaricus）
蘑菇属又称伞菌属，其担子果通常有白色、褐色或者灰褐色的肉质菌盖，腹面又有辐射状的菌褶，在其内形成担子和担孢子，菌柄极易与菌盖分开，孢子为卵圆形或者椭圆形，大部分蘑菇属都可食用，少数有毒。
虫草属(Cordyceps)
虫草属是真菌寄生于昆虫，将虫体变成充满菌丝的僵虫，再从僵虫两端生出有柄头状或棍棒状的子座。本属最常见的是冬虫夏草（Cordycepssinensis），它寄生在鳞翅目昆虫的幼虫上，被害的昆虫幼虫冬天钻入土内，夏天虫草菌从虫体内生出一有柄的子座（即所谓的草）。子座单个，罕见2~3个，长4~11cm，基部粗1.5~4mm，向上渐细，头部膨大形成圆柱形，褐色，初期内部充实，后变中空。子囊壳近表面生，基部大部陷入子座中，先端凸出于子座外，卵形或椭圆形，长250~500μm，直径80—200μm，每一个子囊内有8具有隔膜的子囊孢子。虫体表面深棕色，断面白色；有20—30环节，腹面有足8对，形似蚕。
灵芝属（Ganoderma）
灵芝属的菌盖通常表面有坚硬的皮壳，通体会覆盖坚硬的像漆一样的具有光泽的物质，多在阔叶树林、针阔叶混交林的腐木上面找到，部分可做重要的中药材。
木耳属（Auricularia）
木耳属的担子果呈现杯状、耳状或者叶状，子实层平滑，有褶皱。担子呈圆柱形，有3个横隔，将担子隔成4个细胞，每个细胞上产生一个小梗，小梗上生担孢子。
本属在中国最常见的是木耳，即黑木耳。黑木耳是一种营养丰富的食用菌。
