吕氏深谙英、日、梵、藏、巴利等语，治学领域广泛，不仅涵盖印度（包括南传）、中国与西藏的三系佛学，而且对梵藏佛典的校勘及版本目录等文献学亦极为精审。此外，更开启因明学的研究风气。其治学方向对二十世纪下半叶的中国佛学界，有深远的影响。
研究对象从1954年秋季起，我计划重点地对佛学主要思想作批判的研究。经过半年，算是做完了鉴定资料的初步工作。
我所选择的研究对象，是印度大乘佛学发展到晚期一个阶段里的中心思想。大乘佛学原是围绕著“宇宙人生现象都属缘生无自性”这一基本理论而开展，并由各方面的阐明表现出多样色彩的。到晚期来（西元第六世纪以后），更以瑜伽一系的思想为中心，从正反两面发生针锋相对的议论，形成了“空有之争”。在这样的争辩里，讨论“缘起实相”的真理以及随顺这真理的实践进程等等，牵涉到的问题很广泛、深刻，得着的结论也很切要、彻底。并且这些议论陆续译传于中国内地和西藏，给与义学以长远的影响。只是向来学人对此常作片面的理会，或者有意抑扬而强调一边。扼要地把握思想的实际，是比较困难的。
采用的方法现在，为了研究瑜伽一系的思想，避免片面的、夸张的看法去把握真相起见，我采用了间接的方法。这就是先从“空有之争”里，钩摭出瑜伽系的论敌（中观系）所集矢的焦点，作为贯穿它一系思想的线索，再就有关的各家理论中剪裁材料来庄严它，这样达成对于这派思想重点的理解。
工作内容我在这上面所做的工作是（应用西藏翻译的资料）：
1、重译了中观系对瑜伽系攻击所放的第一箭，即清辩《般若灯论》第二十五品《观涅盘品》末尾破斥“三性”的一段四千余言（这是唐代翻译所略去的一段重要文字）。
2、又重译了清辩破瑜伽系全体学说的一个专篇《中观心论》第五品《入抉择瑜伽宗真实品》的颂文和注释二万余言（这在唐人通称为《入真甘露品》）。
3、研究了月称《入中观论》第六地中破瑜伽系学说的各段，同时参考到宗喀巴《菩提道次第广本》中解释止观的理论。
4、又研究了寂天《入菩提行论》第九《智度品》中破瑜伽系学说的各段。
研究作用从以上各种材料里很明白地见得出瑜伽系思想的各重点，特别是“三性”理论里“依他”、“圆成”两者的相依，“胜义谛”的实际不空，以及唯识理论里以带相为对象的“自证”等等。依着这些线索，再由陈那、安慧、护法、律天诸大家的著述里，充分搜集相关的解释，编成纲要，即作为下期进一步分析研究的依据。
同时，由于瑜伽学系的理论传入中国以后，新兴的各学派都或多或少的受到影响，而于这些影响上也可见出瑜伽思想的重点所在。因此，我对华严宗、禅宗、律宗等的根本主张，更做了一番研究。
在这许多研究里，我时常感觉到精力的不及，好些地方都没有能达到预期的深度。就以翻译来说，我本想用文言直译了之后，还将它改为语体的达意形式，而竟未能改成，只有期诸异日了。
另外，我一向做研究工作，都很重视文献的考据，又随时注意到考据必须和义理联系，避免走上‘为考据而考据’的歧途。以前，观点模糊，谈不到有很好的效果。这几年努力学习运用科学的历史观点，并要求研究能对新文化的建设上有微末贡献，但也只是尝试而已。（中略）
1955年上半年，我的工作计划是继续研究以瑜伽学系为中心的晚期大乘思想。由于事务稍繁，精神分散，经过半年尚未全部完成。但大体上已可告一段落。研究所得的详细结论，将来当分别写出，作为《印度佛学史》的一部分。现在只略述通过这次研究更明确了有关瑜伽一系学说性质的几个要点。
第一，瑜伽系学说主张依他性和遍计性的事象必须截然分开，而遍计性纯粹是概念的产物。从这方面分析，见得瑜伽系学说既然指出概念认识的局限性和虚伪性，还更强调它在认识过程中为极端重要的关键。并且认为一切概念都由内涵的相互排斥而形成（这就是著名的‘余法遮诠说’），而将全体概念认作一整然结构（虚伪的客观世界）。这就很容易堕入唯心论的窠臼。列宁尝说唯心论有它认识论上的根源，就是将认识现象某一方面予以过分夸张，这里恰好给它一个显著的例证。
第二，瑜伽系学说在实践上作为方法论提出了‘唯识’观点，以为错误认识的变革，可以先行了解所把握的事象不实在，再由能所相待而存的规律，取消了能把握的意识。这完全以事象为意识所投射，而发挥认识等于‘自证’（即亲缘内境）的理论，在意识而外的就成为不可亲知。这也是极其接近唯心论的说法。
第三，瑜伽系学说将依他性的客观事象看成是心理的（分别幻），毫无疑问地构成了经验论的一种类型。这种理论也很重视社会共同经验，说明个人的全体经验一方面是它的反映，就又有些像过去苏联·波格唐诺夫所主张的‘经验一元论’，当然和唯心论会发生微妙的关系。
即由于这些特点，限定了瑜伽系学说唯心论的本质。所以，它的价值应该重新估计，而它对于其他学说所发生的影响，也须更好地加以辨别。（中略）
不过，瑜伽系学说对于事物的实质也理解为离开概念而自存（所谓“离言自性”），并跟着因缘而变化，这尽管紧紧地结着心理的片面，可是从此指出人生实践转向（特别是从染到净的趋向，染净的说法当然以大多数人的永久幸福为标准而断定）的可能性和必然性，并且关于认识绝对真理的方面也肯定它辩证的性质，要统一了虚伪的（概念的）和真实的（直观的）两边来作实践进程的依据（用术语说，即是‘胜义的中道行’），这比它的论敌一部分中观家言（常偏向超经验而否定一切）更富有积极性的、进步的意义，也应该指点出来。
至于要明了瑜伽系学说和时代的关系，并追究它的社会根源，这就比较困难。其困难，即在于当时历史记载的贫乏。现在所能见到的一些零碎资料，大都出自传说（像《大唐西域记》和唐人著述里所保存的，还有后世西藏佛教史家所记录的），历史的真实性较低，而在古典里（连同做学说根据的经典《胜鬘》、《楞伽》等在内）偶然反映着史实，也有待仔细研究。因此，只能粗疏的判明瑜伽系学说也和一般大乘同样，主要基础是放在王族和市民的阶级立场上面的。
以上是研究结论的一斑。就在这次研究中，为了补充资料，我注意到瑜伽学系在认识方面的带相说、自证说，都和经部的理论有关。事实上从世亲、陈那到法称也不绝地吸收它的优点。所以将经部学说更作了一番研究，并订正了旧稿〈经部学〉。我又注意到晚期瑜伽系学说，护法一家的发展也极重要，特将保存有这方面资料的律天著述《观所缘论释疏》摘要译了出来。另外，我们配合著《慈恩法师传》旧版（前内学院校刻）的改订，曾费了相当时间，重新编绘了“玄奘西域行迹图”（草稿），尽可能地考订玄奘所经各处的现在地名，附注图内（除去采用旧说而外，新考的约占全部五分之一）。这一图稿，对于现在从中印文化交流的角度上注意到玄奘行事研究的，不无参考之用。
从1953年下半年来，我已就佛学的一般理论提出几个基本问题，做过了分析研究。又就晚期大乘的中心思想进行了比较深入的批判。同时还连带评述了隋唐各宗学说思想。有了这些基础，今后工作计划，拟将主要研究转向中国佛学历史方面，而以一般理论的批判为辅助，并准备在一年左右写出中国佛学史的提纲。
卷一《杂阿含经刊定记》
《显扬圣教论大意》
《论奘译观所缘释论之特征》
《论庄严经论与唯识古学》
《诸家戒本通论》
《安慧三十唯识释略抄引言》
《入论十四因过解》
《因轮论图解》
《集量论释略抄》
《金刚经三义》
《楞伽如来藏章讲义》
《楞伽观妄义》
《辩中边论要义》
《起信与楞伽》
《大乘起信论考证》
《楞严百伪》
《禅学述原》
《谈真如》
《法界释义》
《佛性义》
《种姓义》
《谈院学》
《佛法与世间》
《谈“学”与“人之自觉”》
《西藏佛学原论》
卷二《内院佛学五科讲习纲要》
《内院佛学五科讲习纲要讲记》
《法句经讲要》
《阿毗昙心论颂讲要》
《能断金刚般若经讲要》
《菩提资粮论颂讲要》
《摩诃衍宝严经讲要》
《辩中边论讲要》
《胜鬘夫人师子吼经讲要》
《大乘法界无差别论讲要》
《清净毗尼方广经讲要》
《瑜伽菩萨戒本羯磨讲要》
《羯磨》
《解脱道论分别定品讲要》
《六门教授习定论》
《妙法莲华经方便品讲要》
《大般涅盘经正法分讲要》
《入楞伽经讲记》
卷三《百字论释》
《正觉与出离》
《缘起与实相（上）》
《缘起与实相（下）》
《观行与转依》
《奘净两师所传的五科佛学》
《佛家辩证法》
《汉藏佛学沟通的第一步》
《试论中国佛学有关心性的基本思想》
《宋刻蜀版藏经》
《契丹大藏经略考》
《金刻藏经》
《福州版藏经》
《思溪版藏经》
《碛砂版藏经》
《元刻普宁寺版藏经》
《拖刻南藏》
《届璀刻南藏》
《明刻径山方册本藏经》
《清刻藏经》
《西藏所传的因明》
《因明入正理论讲解》
《新编汉文大藏经目录》
卷四《印度佛学源流略讲》
卷五《中国佛学源流略讲》
◎附三︰蓝吉富〈吕澄的生平与学术成就〉（摘录自《二十世纪的中日佛教》）
（前略）吕澄早年涉猎的学术层面颇广。他先后曾读过农科与经济，对美学也曾刻意钻研。台湾佛学界的一般人也许多少曾读过他的佛学著作，但是大概很少人知道在美学方面，他也出版过不少书。他曾经撰有《美学概论》、《美学浅说》、《现代美学思潮》、《西洋美术史》四部书问世。（中略）
吕澄在十四岁时开始自修内典。十八岁（1914）时，到南京金陵刻经处的佛学研究部随欧阳渐学佛学。这是他一生生命的重要转捩点。从此，唯识学大师欧阳渐得到一位‘超敏缜密’（欧阳渐语）的传人，而吕澄一生中的后面七十五年，也从此奉献在佛学研究领域里。
吕澄在二十二岁那年（1918），开始协助欧阳渐筹办支那学院，四年后该院成立，他也专驻该院，以襄佐其师。到欧阳逝世后，吕澄曾先后出任该院的教务长及院长等职。中共政权成立后，他续掌院务，到1952年该院停办为止。此外，在世俗职务方面，他也曾担任中共中国科学院哲学社会科学部（后改名为中国社会科学院）委员，及中国佛教协会常务理事等职。
1961年，吕澄接受中国科学院哲学社会科学部委托，在南京开办一个为期五年的佛学班。他在该院所授的课程，后来被整理成书的有《中国佛学源流略讲》、《印度佛学源流略讲》与《因明入正理论讲解》等书。此外，在1963年，他还编了一部《新编汉文大藏经目录》。这四部书加上若干篇论文，是他在中共政权成立后的所有著述成果。
大陆的“文革”，似乎为吕澄的佛学著述活动划下休止符。因为从‘文革’开始以后，他就不曾有过新著问世。“文革”之初，吕澄的年龄大约七十岁。这是人文学者思想趋于圆熟的年龄。加上他的身体还算健康，到九十一岁时还曾向访者自豪地称“耳聪目明”，且能研讨佛学问题，可见他在七十岁时是肯定有著述能力的。可惜从那时开始即告封笔。中国大陆佛教研究界的第一硕学，有二十余年“不著一字”，实在是学术界的一件憾事。
从1971年起，吕澄即卜居于清华大学的清华园，住在他那执教于清华大学的儿子家中，直到去世为止。他的文集已由其学生谈壮飞加以整理，并由齐鲁书社出版。（中略）
吕澄研佛时间早，加上通晓英、日、梵、藏、巴利等多种文字，因此其学术工具之多与研究领域之广，在我国佛学界，无人堪与比拟。其著述之成书者，共有下列几种：
1、译介类：《佛学研究法》、《印度佛教史略》、《佛典泛论》等三书。
2、印度佛学类：《印度佛学源流略讲》。
3、中国佛学类：《中国佛学源流略讲》。
4、西藏佛学类：《西藏佛学原论》。
5、因明、声明类：《因明纲要》、《因明入正理论讲解》、《声岸》。
6、目录学类：《新编汉文大藏经目录》。
7、单篇论文：除有二十几篇收在印度、中国二部《略讲》及《中国佛学》等书中作为附录之外，另有多篇刊在期刊中的重要论文未被收录。如《杂阿含经刊定记》、《诸家戒本通论》、《起信与禅》、《楞严百伪》等文皆是。
这些著述，绝大多数可以在一般大书店中找到。在台湾还有两本吕澄的文章，是这里的出版社重编的。其一是《吕澄选集》（弥勒版），另一是《吕澄文集》（文殊版）。目前未见在台湾翻印的是《因明入正理论讲解》，与《新编汉文大藏经目录》二书，以及《楞严百伪》一文。
在上列诸书中，最具份量而且较能看出吕澄的功力的是《印度佛学源流略讲》与《中国佛学源流略讲》二书。这二部天华公司都有翻印本，但是该公司将书名擅改为《印度佛学思想概论》与《中国佛学思想概论》。
此外，译介类三书常被误为吕氏的著作，其实只是编译及增订而已，其中，《佛学研究法》与《佛典泛论》分别取自日人深浦正文的《佛教研究法》与《佛教圣典概论》。而《印度佛教史略》则大体取材自荻原云来的《印度之佛教》。关于这些书的原始取材，吕氏都曾在序文或卷末书目中加以说明。因此只能把他们视为译介，不能视之为吕氏的重要著作。大陆的《中国大百科全书》（宗教编）将这三书也一并归为吕氏的‘主要佛学著作’，是不恰当的。
从上列吕氏的著作表，可以看出其治学领域广泛地涵盖了印度（包含南传）、中国与西藏的三系佛学。事实上，他不只深入这三系佛学的义理大海，而且对梵藏佛典的对勘与版本目录等文献学也极为精审。在因明学研究方面，他也是开风气之先的启蒙大师。从他的佛学'深度、广度，与语文来看，他是最有资格睥睨于当代国际佛学界的我国学人。
关于吕澄的学术成就，可以其所撰《内学院研究工作的总结与计划》一文中摘录出来。该文所提到的虽然是所有支那内学院的综合成果，但是其中有好几项正是吕澄本人的重要学术业绩。这几项是：
1、在玄奘所译《瑜伽论》最后二十卷里，发现了引用全部《杂阿含经》本母──这是连玄奘本人也未尝知道的。因此明白了瑜伽一系学说的真正来源，并连带订正了翻译以后便弄紊乱的《杂阿含经》（《杂阿含经刊定记》）。
据旅居日本的友人传述，去年日本的一次佛教学术会议里，北海道大学教授向井亮，也曾提出类似吕澄的看法，当他被指出这一事实早在六十几年前已经被吕澄发现时，曾撰文表示无限的唏嘘与嗟叹。
2、认清了梵藏本唯识论书的文义自成一系，跟玄奘所传的迥然不同，因而确定了唯识古今学说分歧之所在（详见《内学》第三辑所载〈安慧三十唯识释抄〉诸言）。
3、荟萃汉藏梵文所有的资料，并参酌时人已得的结论，对于佛学纵面的思想源流彻底作了一番考订，著有《诸家戒本通论》、《佛学七宗源流十讲》等。这样刊定了印度时代佛学的实际地位和它们理论的确诂，而建立起学说史的标准。再据以返观我国所传的各说，就容易发现它们和印度原本的距离。其间更见出有相反的趋势，像流传很久的《起信论》、《楞严经》一类返本归元的思想，都决定是国人错解义理而伪托为佛家之言，我们曾毫不容情地予以破斥。（见《楞伽与起信》、《楞严百伪》等论文）又由此一贯错误的思想影响到禅宗方面，构成‘本觉’异说，我们也都完全揭发它出来。（见〈禅学考原〉）还有西藏所传显密各宗学说之是非，我们也作了一番全般的批判（见《西藏佛学原论》、《略论西藏佛学之传承》、《藏密三书导言》等，这都是为要做到真正佛学的实践，而来扫除一切的障碍）。
除了上述三项之外，如前文所述，吕氏对于因明学的弘扬与研究也有为时人所不及的成绩，他对勘因明论书之藏汉译本、校正不少窥基《因明入正理论疏》的谬误，而且也译出若干因明学名著（如《因明抉择论》、《集量论释略抄》等），对因明学的阐释，是有一定成绩的。
此外，对于汉文大藏经目录，他也曾重分大乘经的部类、校核译本与译者，在佛典目录学上，也有突破性的创见。至于对部派佛教的研究业绩，迄今为止也罕有国人能与相拟，他在《印度佛学源流略讲》书中所附录的七篇关于部派佛教研究的文章，也是民国以来最具深度的同类著述。
综合地看，吕澄的学术地位及成就可以从下列几方面来衡量：1、对于十九世纪以来，欧美所盛行的新颖的佛学研究法（亦即以文献学、历史学、哲学等等各类学术方法及学术态度去研究佛教的方法），吕澄有完整而深入的理解。他是将这种研究态度与方法介绍给中国佛学界，并且本身的成就亦最大的中国学人。我们也可以说，吕澄是这种新式佛教研究在中国的主要奠基者。2、吕澄的佛学研究，不唯功力深厚，而且所涉及的领域也至为广博。从他的著作来分类，他在佛书版本及辨伪、印度原典的研究与迻译、因明与声明、戒律、西藏佛教、印度佛教、中国佛教等方面都有卓越的成绩。在所有佛教研究领域里，如果综合起来衡量，在广度与深度上，他可以说是二十世纪中国佛学界的第一人。3、在学术创见方面，除了前面所提及的学术发现之外，吕澄的大部份论文，其实或多或少都有发人所未发、言人所未言之处。而综合性的创见与对中印佛学融贯疏解，则表现在他那两部讲稿（《印度佛学源流略讲》与《中国佛学源流略讲》）之中。其《印度佛学源流略讲》一书，更大体可以展示其一生主要佛学功力之所系。
吕氏深谙英、日、梵、藏、巴利等语，治学领域广泛，不仅涵盖印度（包括南传）、中国与西藏的三系佛学，而且对梵藏佛典的校勘及版本目录等文献学亦极为精审。此外，更开启因明学的研究风气。其治学方向对二十世纪下半叶的中国佛学界，有深远的影响。
吕氏深谙西洋文献学方法，加上其承自欧阳渐之重视义理的佛学研究态度，乃能自成一家之言。在这方面，论功力之深与成果之丰硕，迄二十世纪末为止，国人中罕见堪与比肩者。1955年，大陆《现代佛学》月刊中，曾载其自1954至1955年之一年间的研究工作报告。由该文颇可以使人了解吕氏之佛学研究趋向之一斑。
吕氏在早期曾有美学著作问世。至于佛学著作，则在其逝世后，被汇编为《吕澄佛学论著选集》（五册）行世。
该书大陆版的‘编辑说明’中，曾扼要地举出全书的精华所在及吕澄的主要研究成果。这段文字，可以使读者对吕澄的学术功力有初步的理解。其文略云：
“本书把印度佛学分为原始佛学、部派佛学、初期大乘佛学、小乘佛学、中期大乘佛学、晚期大乘佛学等六个阶段。
作者根据汉文藏文的大量文献，对勘巴利文三藏以及现存的有关梵文原典，按照各阶段出现的典籍先后顺序，说明它们各时期学说的特点和变化，对印度佛学一千五百年的历史发展概况，基本上勾画出一个清晰的轮廓，这样原原本本讲述印度佛学史的，在我国这是第一部书。
吕澄先生专力于佛学研究数十年，在文字上，对版本、原典或异译本做了大量的校勘。在义理上，对各宗各派的根本典据、师承以及前后学说的发展变化做了详尽的考证，一字一校。一书之勘，竟委穷原，务求落实。因此，有一些长期以来被弄错了的或者模糊不清的史实，也能够获得了比较合理的答案。讲稿中如关于佛灭年代‘点记说’的提出，‘分别论者’是上座部的刊定，说一切有部‘相应阿含’的发现，唯识古今学的辨析等等，都属作者孤明先发之见。诸如此类，书中还随处可睹。”
至于《中国佛学源流略讲》一书，则是吕澄对中国佛教之若干主流学说的探讨。他在书中分析中国佛学体系之形成、发展与衰落之各阶段的特征，厘清各家思想的异同，并藉此以彰显中国佛学与印度佛学的基本差异。
这部书共计十章，如果附录的十几篇文章不算，那么单凭这十章本文，在份量上显然不如《印度佛学源流略讲》。尽管如此，如果不具有吕澄其人的学养，其他人还不容易写出这种程度的论著的。
上述这两部印度与中国的佛学著述，加上他早期的《西藏佛学原论》，这三部书使吕澄为现代中国佛学界，奠定了印度、中国、西藏三系佛学扎实的研究基础。
此外，有一项奇特的现象值得附此一提。吕澄是唯识学大师欧阳渐的大弟子，也是唯识学重镇──支那内学院的核心支柱。其对唯识学所下的功夫也非寻常学者所能比拟。然而，奇特的是，他所撰的唯识学论著为数极少。在他所出版的十本书里，没有一本是专论唯识学的。在他所撰的七十篇左右的论文中，除了《慈恩宗》等两、三篇文字外，也罕见其专论唯识学的文章。只在所翻译的七部书里，有译自西藏本的《安慧三十唯识释略抄》、《摄大乘论》等两三部书而已。
固然，我们可以从其《印度佛学源流略讲》等书中，窥见其对唯识学的独特观点。但是以其对唯识学所下的深厚功夫而言，未能为后学者留下专书，总是一件令人遗憾的事。
