齐格蒙特三世的叔叔卡尔九世先是悄悄地巩固自己的地位，时机成熟后，于1593年在乌普萨拉教堂召集一个大典。他从新教国家邀请来4个大主教和300教士，并于1594年2月在乌普萨拉大教堂继位。王位的继承，起了宗教战争，这是瑞典的不幸。许多正义的人士被处以极刑，天主教聚会被禁止，瑞典的非天主教教士被驱逐，这种情绪燃烧了很长时间。
齐格蒙特三世成人后，集资建立了一支舰队，在1598年远征斯德哥尔摩和卡尔马。最后1598年9月25日，在林雪平的Battle of St?ngebro，被卡尔九世打败，这也是他最后一次和瑞典人在瑞典土地上的战斗，2000人在战争中阵亡。在齐格蒙特三世返回波兰之后，这一地区遭到了严重的破坏。1600年3月19日，许多原支持齐格蒙特三世的贵族被卡尔九世下令斩首。这后来被称“林雪平血案（Link?ping Bloodbath）”。
齐格蒙特三世执政波兰时代，是波兰立陶宛联邦的巅峰时期。扬·扎莫厄斯基打败了赫赫有名的勇敢的米哈伊，将联邦的影响力蔓延至多瑙河中游，斯坦尼斯瓦夫·若乌凯夫斯基则在克鲁希诺战役中打败了俄军，使得波兰一度占领莫斯科。然而齐格蒙特三世在位时期的穷兵黩武，也给联邦带来不少隐患。
奥地利的安娜(1573年-1598年)
波兰王后-奥地利的安娜
安娜的父亲是奥地利的卡尔二世，母亲是巴伐利亚的玛丽亚·安娜，祖父是神圣罗马帝国皇帝斐迪南一世，祖母是波希米亚和匈牙利的安娜，外祖父是阿尔布雷希特五世，外祖母是奥地利的安娜。安娜是神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世、奥地利的玛格丽特和利奥波德五世的妹妹，奥地利的康斯坦丝的姐姐。1592年5月31日，安娜成为波兰-立陶宛联邦国王齐格蒙特三世的首任妻子，两人的婚姻受到波兰-立陶宛联邦众多反对与哈布斯堡王朝联盟的贵族的反对。齐格蒙特三世派出以红衣主教拉齐维尔为首的外交使团前往布拉格迎娶新娘。反对与哈布斯堡王朝联盟的势力在扬·扎莫伊斯基的带领下在边境驻守，以阻止安娜进入国境。安娜避开守军抵达克拉科夫，于1592年5月在主教长斯坦尼斯瓦夫·卡恩科夫斯基的主持下，加冕为波兰王后，并于两年后在瑞典加冕为瑞典王后。
由于其彬彬有礼和富有修养，安娜与其从前的敌人成为朋友并赢得了他们的尊重。在安娜在世时，齐格蒙特将联邦首都从克拉科夫迁往了华沙。安娜于1598年2月10日逝世，齐格蒙特三世后与安娜的妹妹奥地利的康斯坦丝结婚。
安娜与齐格蒙特共育有五个儿女，但仅有瓦迪斯瓦夫四世·瓦萨长大成年：
奥地利的康斯坦丝
1605年与Anna的妹妹Archduchess Constance（1588-1631）结婚。
Johan Kasimir (1607-1608)
波兰国王John Casimir (1609-1672)
Ermelnd的主教Johan Albert (1612-1634)
Karl Ferdinand (1613-1655)
Alexander Karl (1614-1634)
Anna Konstantia (1616-1616)
Anna Katharina Konstanze (1619-1651)
在现今的波兰，齐格蒙特三世的评价仍有颇高的争议。一方面在他坚持王权的统治下，波立联邦在对外战争的成就当中，迎来国际地位、军事与经济影响力的顶峰期，是“波兰黄金时代”的最后光辉；但另一方面是，他受耶稣会鼓动，把天主教激进的反宗教改革潮流引入联邦，使得原本宽容合作的教派与贵族出现裂痕，并且浮现出导致后来联邦衰落瓦解的预兆。现今波兰通俗的历史书籍，常常把联邦衰落的源头归咎于他，但学术性的历史学者却认为这并非他的过错，也不是他所能掌控，而较多是植基于联邦体制原本分权倾向的巨大弱点（波兰特有的贵族民主制）。但是，齐格蒙特三世应该为后来的联邦衰落负上多少责任，仍是一个高度争议的话题，譬如他好大喜功、四处征战的风格，有的学者就认为是缺乏目标、滥用国力的行为；因为四处征战就是四面树敌，虽然因此获取不少俄国、瑞典的土地，显著提升了波兰的国际地位；但未来俄、瑞的国力复苏崛起后，不久就成为波兰军事上的梦魇。
瓦迪斯瓦夫四世儿子卡尔九世叔叔
