闲院宫亲王直仁的王子祐宫在后桃园天皇死后继承了皇位，所以现在的天皇家族实际上属于闲院宫家族体系的分支。当时的日本皇室，除去皇位第一顺位继承人以外的亲王可以继承世袭亲王家这个例外以外，还有亲王出家成为法亲王这个惯例。但是在1654年年轻的后光明天皇在22岁时就死去的时候，和天皇血缘接近的皇族男子大多都出家当了和尚，所以就皇位继承产生了纠纷。迁都平安京之后，就没有了出家的皇族还俗后继承皇位的例子。这个时候，虽然实行院政的后水尾法皇（太上皇）想让十六皇子高贵宫亲王（以后的灵元天皇）继承皇位，但是因为高贵宫才出生不久，所以由继承四世袭亲王家（四大亲王家）之一的有栖川宫（花町宫）亲王在高贵宫成年之前暂时继承皇位成为后西天皇。借鉴这个痛苦事件的经验畏惧皇统断绝的新井白石向将军德川家宣进言，建议皇室也有必要像德川将军家的御三家一样，创立新的宫家。
一方面，抱有同样危机感的东山天皇也通过家宣的亲家关白近卫基熙，为给嫡子秀宫（亲王直仁）开创新的宫家向幕府请求财政上的支持。因此，1710年9月4日，亲王直仁作为初代当主而开创的新宫家之事拍板，8年后，灵元法皇（东山天皇之父，东山天皇在1709年死去）赐予直仁闲院宫宫号和1000石的领地。这样，自1625年开创有栖川宫（高松宫）以来，诞生了新的亲王宫家。赐予的宫邸在京都御苑的西南部。旧闲院宫邸经过近年的休整，仍保留在原来的地方，是江户时代遗留的唯一一处宫邸。
也有灵元法皇反对开创新宫家的传说，据说是对其在天皇位期间开创新宫家的没有被提议认同，而亲幕的东山天皇的要求却被认同的不满。
初代：直仁（东山天皇皇子）
二代：典仁（光格天皇之父、明治时代之后被赠予庆光天皇的谥号及太上天皇的尊号）
三代：美仁
四代：孝仁
五代：爱仁
六代：载仁（伏见宫亲王邦家之子）
七代：春仁（脱离皇籍、改姓闲院）
