元代统一全国的战争结束后，由热心“地方教化”的元官吏倡和筹划，全国复建、新建书院蔚然成风。诸葛书院也在此时由河南行省平章政事何纬倡议创建。工程于至大二年（1309年）春开始，经过三年时间的营建，于皇庆元年（1312年）秋落成在武侯祠东北侧。南阳诸葛书院还是元代至大年间（1308年—1311年）全国兴建的四所书院之一。
南阳市卧龙岗是三国时诸葛亮隐居躬耕之地，风景优美，紧靠卧龙岗武侯祠东有一处“卧龙书院”，古木参天，与武侯祠建筑相映成趣。
诸葛书院兴建之初，有“庐舍”和“学田”两部分组成，同时还有专门储藏书籍的楼阁。“庐舍”主要包括有礼殿、祠堂、讲堂、山长署、诸生斋、庾库等，共计四十六间。元代祀先贤是书院活动的主要内容之一，诸葛书院的祠堂自然是祭祀崇奉诸葛亮。书院的讲堂是师长讲学、学生听讲的地方，由诸葛亮有“非学无以广材，非静无以成学”的遗训，因此诸葛书院的讲堂曰“静成”之堂．东西两序曰“明志之斋”和“广材之斋”，并将藏书之阁称为“崇文之斋”。书院的学田是书院赖以维持的经济基础，由佃户承种，岁入租税则充作教师的俸薪和书院设备整修、添置的费用。诸葛书院曾“割官之废田四十顷籍于学。”这在当时全国众多书院的“学田”中，数量是较多的。南阳诸葛书院在元代兴建之始，即得到了政府的承认，由“集贤院上言赐额”。
元至正二十一年（1361年）冬，历经数十星霜的诸葛书院，由官府鸠工重修，使“废者撤而新之，无者补而完之”。改换了殿堂门庑，重新饰其圣哲遗像。绘其祠壁，制祭器百件有余。这次修还新起东西斋各三楹，增塑了蒋琬及诸葛瞻、诸葛尚肖像，标著十将名额。至此使武侯饲、诸葛书院浑为一体。
元末明初，书院记废。成化八年（1472年）南阳知府段坚命工缮修。嘉靖六年（1527年）官府再次整修。康熙二十年（1691年）河南巡抚阎兴邦与南阳知府共谋重修，“中建讲堂，旁建斋舍，后建三顾祠，中祀忠武侯，与司马德操、徐元直配之。”康熙五十一（1712年），南阳知府罗景大修武侯词及书院时，因堪舆之说和府之绅士之请，另建书院于武侯词之前，并以“卧龙”命名。
清末，随着我国新的教育体制的改革，卧龙书院失去了昔日的辉煌。民国时间，武侯词二十三世方丈张宗骞（仙槎）将书院及五十亩果园交干南阳县政府，并成立河南省南阳园艺学校。解放后，书院原有建筑统归于南阳干校。1968年秋，南阳地区安装公司借用后，又将原有书院建筑改为家属院。此后书院许多碑碣被毁，一些古树被砍伐。
卧龙书院为封建社会南阳文化教育事业的发展、人才的培养做出过一定的贡献，同时，卧龙书院作为卧龙岗武侯的一个组成部分，也是今天南阳历史文化名城的重要标志，另外，该书院还是研究我国古代书院制度的实物标本，具有重要的历史和科学价值
