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蛋白质数据库的介绍

蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。

蛋白质数据库的简介

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。 服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者 。分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。 对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于 HPDB 的翻译不妥带来的不便。蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。 这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库， 因此 HPDB 支持中文查询。蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持 RCSB PDB 核实后的原始实验数据文件，并保持 PDB 文件格式和蛋白质分子编号。

怎么用uniprot查找蛋白序列并且看有几个异构体

怎么用uniprot查找蛋白序列并且看有几个异构体用浏览器打开https://www.uniprot.org/页面，输入关键词，然后点击右上方的search按钮，找到需要研究的物种，就会出现其详细的信息。所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接，再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。当然不是所有的蛋白都有基于实验结果的3D结构图【摘要】怎么用uniprot查找蛋白序列并且看有几个异构体【提问】怎么用uniprot查找蛋白序列并且看有几个异构体用浏览器打开https://www.uniprot.org/页面，输入关键词，然后点击右上方的search按钮，找到需要研究的物种，就会出现其详细的信息。所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接，再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。当然不是所有的蛋白都有基于实验结果的3D结构图【回答】怎么看有几个异构体呢【提问】还有蛋白质序列的分子量【提问】【提问】一般来说，蛋白质的分子量需在8000以上。若分子量再小一些就属于多肽的范围了。分子质量：设氨基酸的平均相对分子质量为a，含b个二硫键，蛋白质的相对分子质量=ma-18(m-n)-2b，也即氨基酸的平均分子量x氨基酸总的分子数（肽链数+肽键数）-18x脱水缩合的水分子数（和肽键数相等）。【回答】我知道一个基因 想要知道这个基因对应物种的蛋白质序列有几种剪接异构体 还有该蛋白质序列的分子量【提问】蛋白质的二级结构有α-螺旋 β-折叠 β-转角 无规卷曲 、 四种稳定构象异构体。【回答】如何根据这个蛋白质的序列看有几个剪接异构体【提问】由各氨基酸按一定的排列顺序结合而形成的多肽链称为蛋白质的一级结构.相同氨基酸构成的蛋白质,一级结构不同,即构型不同,它们之间就是同分异构体【回答】

uniprot蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点

将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成，包含3个部分:
(1)
UniProt
Knowledgebase
(UniProtKB)
，这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等蛋白质知识库，记录经过人工筛选和注释;
■
(2)
UniRef
(
UniProt
Non-redundant
Reference
)
数据库，将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度;目前，根据序列相似程度形成3个子库，即UniRef100、UniRef90和UniRef50;
■
(3)
UniParc
(UniProt
Archive)，是UniProt存档库
,
收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。

某细胞可组成性地分泌一种蛋白质，已经知道了它的N端部分氨基酸序列，如何将该蛋白质的基因克隆和表达?

【答案】：(1)按照遗传密码预测相应于N端氨基酸序列的mRNA核苷酸序列；(2)用快速固相化学合成法合成一系列短的DNA片段，15～20核苷酸长，它们能和mRNA的部分序列形成互补碱基对；(3)提取细胞总mRNA；(4)将合成的短的DNA片段与细胞总的mRNA杂交，可分离出所需要的mRNA；(5)将此mRNA进行体外翻译以验证是否为目的基因；(5)将该mRNA进行反转录获得cDNA；(6)将此cDNA连接到一表达载体上；(7)将此表达载体在适当的细胞中表达。

已知一段基因序列，怎么知道有什么蛋白质结合到其DNA上

怎么知道有什么蛋白质结合到其DNA上
作为蛋白质的转录因子从功能上分析其结构可包含有不同区域：①DNA结合域（DNA binding domain）,多由60-100个氨基酸残基组成的几个亚区组成；②转录激活域（activating domain）,常由30-100氨基酸残基组成,这结构域有富含酸性氨基酸、富含谷氨酰胺。
DNA指导蛋白质合成的过程是，DNA通过碱基配对转录出RNA，mRNA通过翻译得到蛋白质，在此过程中受到转录水平、翻译水平的调控，最后产生特异性的蛋白质。因为每个细胞中的基因序列都是一样的，但在表的的过程中受到多方面的调控，使其产生特异性的蛋白质。指甲附近有RNA在等待着翻译蛋白质，因为每处都有不同的调控水平控制着，翻译出来不同的蛋白质，在指甲处长指甲处受机体的控制只能翻译出“指甲”蛋白质，从而只能长指甲了。