10号线巴沟站位于海淀区巴沟路（东西向）的北侧地下，呈东西向布置，东侧临近巴沟村公交场站以及巴沟路与万柳中路交汇路口。
结构巴沟站站内立体图（10号线）
10号线巴沟站为地下二层车站，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，双岛式站台设计，采用明挖施工，车站主体长度为230m。站台层设置有4条股道，其中设两条出入线连接车辆段。站厅通往站台出入口都有表现大小不一的五彩圆圈图案的装饰墙。10号线车站有效站台中心里程K0+379。车站中心线处轨顶高程36.80m。四线总长229.4m，宽17.2m，总建筑面积18021㎡。
西郊线巴沟站为地面站，西郊线在上跨蓝靛厂北路和昆玉河后沿巴沟路进入巴沟站。
乘车提醒由于巴沟站附近设有万柳车辆段，在北京地铁10号线成环之后，巴沟站成为了部分列车的终点站。这些列车在巴沟站停靠时只清理车上乘客不载客，请大家听从车站人员指挥，到指定站台候车。
出入口本站共设5个出入口：A口（西北口）、B口（东北口）、C1、C2、C3口（南出口）
A口：巴沟路（北侧）
B口：巴沟路（北侧）、巴沟村公交场站
C1、C2、C3口：巴沟路（南侧）、北京华联万柳购物中心
首末车时间10号线内环（开往苏州街站）：4:54-22:31（全程）-22:55（终点站成寿寺站）
外环（开往车道沟站）：4:49-22:35（全程）-0:20（终点站车道沟站）
西郊线开往巴沟站：6:00-23:00
开往香山站：5:30-22:30
公交换乘巴沟村站：
74路（柳村-颐和园新建宫门）、302路（巴沟村-辛庄）、304路（巴沟村-牡丹园）、307路（巴沟村-龙域北街东口）（2018年8月17日起）、361路（巴沟村-望京科技创业园）、386路（巴沟村-清河营公交场站）、528路（巴沟村-天香颐北里）、539路（巴沟村-颐和园西门）、611路（张仪村南站-保福寺桥西）、614路（巴沟村-单村）、630路（大运村公交场站-香泉环岛）、运通114线（吴庄-地铁生命科学园站西）、运通124线（金庄-厢白旗桥）
万柳中路北口站：
534路（西直门-中央党校北门）、539路、611路、664路（地铁苹果园站-厢白旗桥）、运通114线
临近车站巴沟站下行
线路
上行
内环（下一站：苏州街站）距离1110米10号线外环（下一站：火器营站）距离1495米开往巴沟站（终点站）西郊线开往香山站（下一站：颐和园西门站）
