原名“双龙城”。因其介于头道乌龙沟与二道乌龙沟之间，故名。清末，隶属海伦直隶厅管辖。1906年（清光绪三十二年），出放街基。1908年6月（清光绪三十四年五月），展放街基，定名望奎镇。中华民国成立后，望奎镇为海伦府南乡所在地。1910年5月（清宣统二年四月），设望奎镇税务局。1916年9月，划归新设置的望奎设治局管辖，为设治局驻地。1918年2月，望奎“改局为县”，遂为县城。1921年，划为县城区。东北沦陷后，初为智一保，后改设望奎街。1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年1月，设置望奎区。1948年5月，将城郊各农村划出，增设临城区。1955年4月，改为双龙镇。1958年9月，与城郊乡合并改称双龙镇人民公社。1964年9月，将双龙镇公社所辖农村划出，成立环城公社。1967年5月，将双龙镇公社改为望奎镇公社。1969年9月，将环城公社并入望奎镇公社。1980年5月，恢复望奎镇名称。1983年11月，将正蓝后四等6个生产大队划出，另设环城公社。
近几年发展望奎镇党委和政府紧紧围绕“瓜菜立镇、畜牧强镇，围城富镇、招商兴镇”的发展思路，利用地域优势，以瓜菜为主导产业，以畜牧为核心产业，大力发展特色经济，现在蔬菜棚室面积发展到120万平方米，全镇生猪饲养量达到10.6万头，出栏商品猪7万头，2003年8月创建了占地面积10万平方米，标准化牛舍5500平方米，有奶牛养殖大户12户的望奎镇高产示范园区，2003年6月建立了占地面积5000平方米的生态家园富民小区。招商引资工作取得新突破，望奎镇万头养猪场、生态养猪场已建成，向社会可提供种猪2000头，出栏商品猪4000头。该镇切实抓好劳务输出，全年输出劳务人员2000多人，实现收入1200万元以上。
