1909年4月15日，滇越铁路通车至碧色寨，次年4月1日全线通车。滇越铁路蒙自站站址在云南省蒙自市老城区火车站大街，为滇越铁路昆河线的经停站，蒙宝线的起点站，邮政编码661100。自2003年起停止客运。
2013年2月23日，玉蒙铁路开通运营，蒙自站迁建至余家寨。
2014年12月1日，蒙河铁路开通运营，蒙自至河口最快仅需1小时34分。
2019年1月5日，昆明至蒙自正式开行动车，也标示着昆蒙城际铁路的开通。
站台线路泛亚铁路东线蒙自站为境内玉蒙铁路的终点站，蒙河铁路的起点站；蒙自站也是国际铁路，泛亚铁路东线（昆明--河口--河内--胡志明市--金边--曼谷--吉隆坡--新加坡）蒙河段的配套工程。
滇越铁路蒙自站为昆河线经停站、蒙宝线起点站。
昆蒙城际铁路蒙自站为终点站
蒙自站
交通换乘101路（空调车2元）：火车南站（蒙自站）---观音桥---红河学院---红河大道---得胜家具城---州政府---州委党校---凤凰路---交通银行---州法院---蒙自汽车客运站---红交培训中心
31路：蒙自站---观音桥---红河学院---红河大道---得胜家具城---南方电网公司---银河路---同德广场---天马转盘---天马路---红河广场---蒙自汽车客运站
18路：蒙自站---观音桥---红河学院---红河大道---学海路---蒙自二中---哥胪士洋行---南湖公园正门---月牙塘
小18路：蒙自站---田房---电池厂--客运北站（老车站）---北大街---联大路---月牙塘
运营情况2020年1月，蒙自站已实施电子客票业务，并实现全国联网。
列车时刻表本时刻2020年4月10日起生效。如有变动请以12306铁路官方实际售票情况或车站为准。
车次运行区间承运方列车等级本站到发时刻终点站到达时刻本站到终点站运营时间本站到终点站运营里程备注C8302蒙自—昆明昆局昆段动车8:10始发10:522时42分275kmC8332河口北—昆明昆局昆段动车9:19到9:23开12:293时6分275kmK9826河口北—昆明昆局昆段新空调快速10:46到10:51开16:165时25分275kmC8331昆明—河口北昆局昆段动车11:13到11:18开12:271时9分194kmC8301昆明—蒙自昆局昆段动车11:48终到11:480分0km
