修道院的回廊
这座教堂就建于圣保罗埋葬地的上方。在386年，狄奥多西 一世下令扩建这座教堂。在五世纪时，城外圣保禄大殿甚至比旧圣伯多禄大殿还大。基督教诗人Prudentius，曾为这座教堂写下了几句，诗名为basilica trium Dominorum。此外，在教宗额我略一世的统治下（590年至604年），这座教堂再度扩建。在这时期，有两座修道院在这座教堂附近。在937年，圣奥多来到罗马时，斯波莱托的艾伯里克二世邀请修道院及教堂到他聚会去。当时，教宗额我略七世为修道院院长。就在那时候，阿马尔菲的潘达莱奥内（Pantaleone of Amalfi）向人们展示了教堂的青铜门（出自君士坦丁堡的艺术家之手）。而修道院优美的回廊就于1220年至1241年间建造。
在1823年7月15日，一位工人的疏忽引起了一场大火，城外圣保禄大殿在这场大火中几乎被完全破坏，并于1840年重开。此外，很多国家在重建时都提供了帮助：埃及的副总督送了许多由雪花石膏制成的柱子，俄罗斯皇帝送了珍贵的孔雀石及青金石，而教堂的正面就由意大利政府完成。
内部结构教堂内部
在教堂前的门廊是教堂于十九世纪重建时建的。而二十世纪的大门就包含了旧教堂正门的元素。大门的右面是圣门（只在纪念日开放）。此外，新教堂也保留了旧教堂的结构（一个中殿及四条走廊）。教堂中殿的八十根柱子及精致的天花板建于十九世纪。旧教堂在发生火灾后，只留下了内部的后殿。这后殿的马赛克为卡瓦利尼（Pietro Cavallini）的作品，这些马赛克在火灾时被严重破坏。而新教堂内五世纪的马赛克都是旧教堂在发生火灾后留下的。此外，在旧教堂内的圆柱上都有历代教宗肖像的浮雕。
教堂的南边为修道院，这修道院曾被称为“中世纪其中一座最漂亮的建筑物”修道院拥有不同形状的双柱，而有些柱子则镶入了金色及其他颜色的马赛克。
