图书馆1993年起即采用计算机集成管理系统实现现代化管理，近年来，更是在网络化、自动化方面有较大发展。目前，图书馆局域网通过万兆光纤连接校园网，千兆带宽接入桌面。信息点及无线网络覆盖图书馆所有办公、服务区域，在两个校区使用统一的图书馆自动化管理系统，实现数据资源的共享和图书资料通借通还。
图书馆实行藏借阅合一的管理与服务模式，最长开馆时间达每天14小时，网络服务每日24小时不间断，开通了移动图书馆及电子书借阅服务，读者可通过PC和移动终端完成图书馆馆藏书目、借阅情况查询，网上预约和续借等，延伸了服务的时间和空间。本馆除提供常规的书刊借阅、自习研修服务外，还提供馆藏书目信息查询，光盘与网络数据库检索，多媒体资源浏览，读者培训、参考咨询，馆际互借与文献传递等服务，为研究生、本科生等多层次学生开设文献信息检索课程。
组织机构广州医科大学图书馆是广东省图书馆学会理事馆，广州市图书馆学会常务理事馆，广东省高校图书工作委员会成员馆。实行校长领导下的馆长负责制，由一位副校长分管图书馆工作。图书馆内设馆办、采编部、流通部、期刊部、信息技术部以及信息咨询部六个部门。现有在编人员26人，其中本科及以上学历（学位）22人，占在编人数的84.6%；副高及以上职称7人，中级及以上职称共20人，占在编人数的76.9%；工作人员具有多学科的专业背景，学科专业涵盖图书情报和信息管理、医学、外语、计算机等。
