2000年7月22日，山东医科大学、山东大学和山东工业大学合并组建新山东大学。三校教务、招生部门合并，分别组建山东大学教务处和本科生招生办公室。
2004年，山东大学撤销本科教学评优办公室，成立本科教学评估办公室，由教务处处长兼主任，负责开展教学评估、教师培训、教学技术支撑等工作。
2011年，本科教学评估办公室改组为山东大学教学促进与教师发展中心，仍由教务处处长兼主任，担负师资培训、教学评估、课程建设和教学技术支撑四项功能。
2010年11月17日，山东大学泰山学堂成立。这是一个培养基础学科拔尖创新人才的跨学院、跨学科本科教学机构。
2012年5月，在山东大学第二轮大部制改革中，教务处、本科招生办公室、教学促进与教师发展中心、泰山学堂（暨特殊人才培养办公室）合并组建本科生院。
2014年6月，山东大学本科招生办公室在学校第二轮“三定”工作中从本科生院独立。
职责任务承担学校全日制本科生的学籍管理工作，批准休学、复学、转学，组织转专业和交流生工作，对成绩不合格学生给予学业警告和学籍处理。
承担本科课程管理工作，制订全校教学计划，批准本科专业培养方案，设置和调整通识核心课与其他选修课。
承担本科教学管理工作，核算教师工作量，排定全校课程表，组织本科生选课，安排课程调整，对教师教学质量进行检查。
承担本科考试管理工作，排定考试计划，安排考场，组织监考和巡考人员，对考试试卷命题和批阅质量进行检查，出具成绩单，对违纪考生进行处理。负责山东大学大学英语等级考试、普通话水平测试等公共考试报名和组织。
承担本科教学科研和人才培养基地建设工作。
承担山东大学泰山学堂、山东大学尼山学堂管理和招生工作，提供政策支持。组织实施山东大学卓越应用人才教育培养计划，管理山东大学暑期学校。
管理山东大学教学促进与教师发展中心，维护山东大学课程中心网站和各教师、学生网上管理系统。
机构设置内设机构综合管理办公室
教务管理办公室
教学研究与基地建设办公室
代管机构山东大学教学促进与教师发展中心
山东大学泰山学堂
