中医古籍出版社主要出版中医古籍及研究中医古籍的著作，承担国家抢救行将失传的有价值的中医孤本、善本、珍本古籍的复制影印任务，同时也出版中医理论、临证各科、中药、方剂针灸、养生等著作以及中医药工具书、中医药教材、医学科普读物等。
中医古籍出版社自1980年10月成立以来，依托中国中医研究院强大的学术背景和中医界丰富的学术资源，对中国中医药典籍开展了系统的现代整理出版工程，推出了《中医珍本丛书》、《珍本医籍丛刊》、《影印文渊阁四库全书医家类》、《北京大学图书馆馆藏善本医书》等大型中医古籍丛书，其中有大量险些流散的中医孤本、善本、珍本古籍。1992年江泽民同志为中医古籍出版社出版的《中医古籍孤本大全》一书题写了书名，体现了党和国家对中医古籍出版事业的关怀和重视，对中医古籍出版社的发展起了极大的激励作用。
中医古籍出版社积极调整选题思路，改善经营方式，在继续做好中医古籍保护性出版的同时，从中医理论、中医文化、中医临证、中医方剂、中医疗法、中医养生等各学科入手，通过开发选题、发现作者、提高质量、改善服务等手段，逐步形成中医科研、教学、临床、科普各类读物并重的专而全的中医专业版格局。今后，中医古籍出版社将更加以高品格的出版物和鲜明的品牌特色服务于中医事业及广大读者，争取为祖国医药事业做出更大的贡献。
组织架构办公室，总编室，编辑部，出版部，发行部，财务部，事业部，直销中心（读者服务部）。[1]
