1989年，南京长途汽车东站投入运营。
2003年1月，南京市长途汽车东站将高科技的录像取证手段用于打击车站内的“黄牛”。
2015年4月28日，位于南京长途汽车东站的南京旅游集散中心正式投入运营。
2017年春运起，南京长途汽车东站支持微信购票并开设了微信购票专窗。
2020年，南京长途汽车东站停止运营，所有车辆调整至南京汽车客运站（小红山客运站）。
2020年，南京长途汽车东站恢复运营，复班首日，预计有15条班线、102个班次在长途汽车东站配载。其中包括发往无锡、常州、镇江、泰州、泰兴、苏州、张家港、扬州西站、江都、高邮、宝应等班线。
运营情况截至2018年10月，南京长途汽车东站设有售票窗口13个，检票口22个，发车位26个，停车位100个。经营线路近百条，主要担负江苏省苏南、扬州、泰州地区和浙江、福建、广东、河北、江西、湖南、皖南等7省地区的长途客运任务。辐射江苏、浙江、福建、江西、河南、河北、安徽、广东等省近百余个市县。在营班车有现代、大宇、沃尔沃、凯思鲍尔、金龙、宇通等各类高中档车型。日发班次400余班，日均发送旅客5000人/次，高峰时旅客出口量可达3万人。
2016年1月24日、25日，南京长途汽车东站客流量分别是6000人次与5800人次。
功能设施南京长途东站经营线路近140条，日发班次500余班，日均发送旅客1.5万人，高峰时旅客出口量可达6万人。
车站采用先进的电脑售、检票系统和语音播报系统。在实现全市联网售票的基础上，与全省省辖市一级汽车客运站和部分二级汽车客运站成功实现联网售票。东站候车大厅宽敞明亮，设有餐饮、购物等场所。配置大型冷热交换空调。豪华候车厅配备了中央空调、背投电视，以满足乘坐豪华车旅客的候车需求。
为确保旅客乘车安全，车站还设有危险品检测仪，安装了覆盖全站的电子监控系统，实行24小时监控，营造安全舒适的乘车环境。
公交线路公交线路
途径南京长途汽车东站的公交线路有南京公交2路、南京公交10路、南京公交28路、南京公交69路、南京公交70路、南京公交71路、南京公交115路、南京公交131路、南京公交165路、南京公交311路。
另外途径玄武大道长途汽车站的公交线路有南京公交50路；南京公交71路；南京公交97路；南京公交125路；南京公交130路；南京公交140路；南京公交141路；南京公交162路；南京公交206路；南京公交309路；南京公交D1路；南京公交Y34路夜间；南京公交d21路。
地铁
南京地铁6号线花园路站（在建）。
地铁线路南京地铁6号线（规划）、南京地铁9号线（规划）。
