有目标地汇集种质资源，是资源研究工作内容之一。收集可以通过普查、专类收集、国内征集、国际交换等途径进行。收集后的种质资源要置于适当条件下保存。
引种是收集种质资源的一条重要途径，一些国家长期坚持国外引种颇见成效。美国从1776年起即开展有组织的国外引种，仅1839～1979年就引入各种作物的种质资源43.8万余份。苏联全苏作物栽培研究所，在20世纪60年代中期至70年代中期，考察了50多个国家，获得各种作物的品种资源13万份。
收集的特点和范围
种质资源的收集具有广泛性和长期性的特点。以收集种质资源为目标的引种、与引入良种用于生产不尽相同。种质资源的收集，无论从目的或范围来说都更为广泛，着眼于为培育质量更高的新品种提供充分的物质基础。收集的范围包括栽培品种中当前栽培和过去栽培的品种地方品种，近缘野生种、野生种，以及具有潜在利用价值的类型，杂交优系，芽变系等等。种质资源的收集是一项经常性的工作。为充分发掘有用的种质资源，提高收集的效果，要了解它的起源、传播及分布：预测生产和育种实践对种质资源的需求。
收集的方法
种质资源收集工作之前要做好充分准备，了解情况，制定计划，避免盲目性。收集的过程中要按资源调查和引种的要求，填写调查项目记载表。对资源的名称、特性、产地、立地条件等详加记载，同时应摄影并采集标本。
果树种质资源可供收集的材料有接穗、插条苗木，根蘖，以及种子等。不论收集苗木、枝条或种子，都必须保证纯正和具有正常的生活力。收集的时间应在一年当中适宜繁殖的时期进行。一般以冬季引入苗木或休眠枝条，经短期贮存后，春季进行栽植或高接。夏季引入接穗，由于气温高，包装及长途运输不便，芽接后影响成活。在自然条件发生特殊变化的年份，提供了在特定的环境条件下收集某些特殊类型的可能性。如在病害发生严重的年份收集抗病类型在冬季严寒的年份收集抗寒类型等等。
收集后的工作
资源收集之后，要隔离繁殖，经观察若干年后才能入圃保存。从国外引入的种质资源，更要严格检疫，经检疫后再进行隔离试种或高接观察，防止危险病虫传入蔓延。
种质资源的登记
引入种质资源的编号、登记工作十分重要。编号应按统一规定。中国习惯于采用引入年份加引入顺序的编号方法。美国从1898年起对从国外引入的各种作物，不分种类统一编植物引种号（Plant Introduction Number），简称P.I.Nu.编号。日本采用永久编号法，不同作物按种类编号，以六位数字表示科、属、种各用两位数表示。同一作物按品种编号，也采用六位数字，前两位数代表从何处引入，后四位数为品种编号。从保存名单的编号上，就可以看出该资源材料的分类地位和引入地区。除编号之外，还要在特制的资源引种卡片上进行登记，记载资源的编号、收集途径和时间、检疫情况、繁殖及保存情况等有关内容。欧、美许多国家早已采用电脑贮存资料，80年代以来，中国发展也很快，电脑存贮，便于查询、利用和交流。
