有以下大学:
南通大学:规模结构合理、学科门类齐全、教学质量优秀、办学效益明显的地方综合性大学。
南通高等师范学院:我国第一所独立设置的中等师范学校。
南通纺织职业技术学院:我国第一所纺织专科学校。
南通职业大学:全国办学历史最长的高等职业院校之一。
紫琅职业技术学院:具有颁发高等教育学历文凭资格的全日制民办普通高校,也是南通市第一所民办高校。
南通开放大学:以现代信息技术为支撑,面向全体社会成员,服务全民终身学习的新型高等学校。
南通航运职业技术学院:全日制普通高等学校。
南通农业职业技术学院:公办全日制普通高校。
南通市商业职业技术学校:以举办五年制高职为主的专科层次的全日制普通高等职业学校。
江苏联合职业技术学院南通商贸分院:以五年制高职教育为主的专科层次的全日制普通高等职业学校。