正因尘埃粒常作为细菌的载体，所以就这个意义来说，空气中尘粒愈多，细菌与之接触的机会也愈多，附着于其上的机会当然也就多了，所以生物洁净室中除菌的措施主要靠空气过滤。用于生物洁净室的过滤器，以下三个问题应该特别注意：
（1）高效过滤器对微生物的过滤效率 由于微生物的等价直径远大于05μm，所以高效过滤器的滤菌效率几近100%，高效过滤器出口菌浓皆可为“0”。用喷含菌溶液来试验，由于溶液的最后液滴大小也都大于细菌自身大小，所以也获得较高的效率。对于常用的高效过滤器，当以每L细菌浓度为82102～6104空气通过它时，对于不同大小菌种，不同滤速条件的过滤效率也不一样，对自身大小约01～05μm的细菌其过滤效率和03μmDOP微粒的效率一致。
（2）控制减少洁净区的微生物提高洁净度应努力做到：尽量减少涡流，避免将工作区以外的污染带入工作区；尽量防止灰尘的二次飞扬，以减少灰尘对工作的污染机会；为了稀释空气中的含尘浓度，要有足够的通风换气量；工作区的气流要尽量均匀，风速必须满足工艺和卫生要求，当气流向回风口流动时，要使空气中的灰尘能有效地带走。
总的来说，洁净室的灰尘主要来源于人其占80%~90%,来源于建筑物是次要的仅占10%~15%，来源于净化送风系统的就更少了。
